Lejre Kommune har gennemført en række større naturpleje- og naturgenopretningsprojekter med tilskud fra Miljøministeriet og EU. Nogle af projekterne har til formål at sikre og beskytte en række sjældne, truede eller karakteristiske naturtyper og arter i Natura 2000-områder, mens andre har til formål at bevare og fremme den biologiske mangfoldighed uden for disse områder.
Kommunen foretager løbende naturovervågning og naturpleje, bl.a. af udvalgte sårbare og sjældne arter. I Kirkemosen i Ryegård Dyrehave overvåges fx sjældne sommerfugle, som er knyttet til hedemoser og højmoser, for at man kan foretage den nødvendige pleje af mosen. Ynglefuglene på de ubeboede øer og holme i Roskilde Fjord overvåges i samarbejde med Roskilde og Frederikssund Kommuner, og i Gøderup Mose har man gennem mange år optalt orkidéen kødfarvet gøgeurt. Her har man kunnet se, at bestanden svinger med ændringer i drift og vandindvinding.
Det er et ønske fra kommunens side, at både borgere og erhvervslivet inddrages aktivt i naturpleje, som typisk består i hegning med henblik på afgræsning af et areal, af høslæt, rydning af uønsket forekomst af træer og buske eller oprensning af vandhuller.
