For at bevare og styrke naturværdierne har Middelfart Kommune udarbejdet en naturkvalitetsplan, hvor naturområderne er blevet målsat ud fra deres naturmæssige kvaliteter. De fordeler sig på fire forskellige kategorier, hvoraf 43 % er af international eller national betydning, 26 % er af national eller regional betydning, 9 % er af regional betydning, og 22 % er af regional eller lokal betydning. Målsætningskategorierne benyttes bl.a. til at prioritere forvaltningen af de enkelte områder.
I henhold til målet i det nationale skovprogram om at øge det samlede danske skovareal til 20‑25 % inden udgangen af det 21. århundrede har Middelfart Kommune desuden udpeget en række områder til mulig ny skovrejsning. Områderne ligger især langs sydvestkysten og omfatter bl.a. Svinø, Fønsskov og området ved Tybrind Vig.
Derudover indgår hele kommunens kyst i Naturpark Lillebælt. Naturparken blev til i et samarbejde mellem Middelfart, Fredericia og Kolding Kommuner og certificeret som naturpark under Friluftsrådets mærkningsordning d. 11. december 2017.