Norddjurs Kommune har en varieret natur. I de naturområder, som er udpeget efter Naturbeskyttelseslovens § 3, skal naturindholdet øges gennem bl.a. naturpleje og -genopretning. Prioriteringen i forvaltningen sker ud fra Naturkvalitetsplan 2017, som målsætter områderne efter en kvalitetsvurdering fra A til C, hvor A har den højeste naturkvalitet, og C den ringeste. Samtidig friholdes arealer, der potentielt kan genoprettes som vådområder, fra byggeri. Ud over de naturmæssige værdier skal de genoprettede vådområder bidrage til fjernelse af kvælstof og fosfor fra landbruget.
Også skovene er af stor værdi, og kommunen planlægger at fordoble det i forvejen betydelige skovareal. Sammen med byudviklingen og udbygningen af infrastrukturen har skovrejsningen medvirket til en reduktion i landbrugsarealet på ca. 2 % i perioden 2011‑15. Kommunen ønsker at bevare og videreudvikle styrkepositionen inden for fødevareproduktion, men vil koncentrere og prioritere den intensive landbrugsproduktion på de mest værdifulde landbrugsjorder.
Derudover lægger Norddjurs Kommune vægt på, at så mange som muligt får let og uhindret adgang til naturen. Derfor skal adgangen sikres og forbedres, samtidig med at formidlingen af de mange naturoplevelser øges.
