Nordfyns Kommunes natur og landskab samt nærheden til kysten er af stor betydning for både turisme og bosætning, og i kommunen er der derfor et stort fokus på at sikre naturarealerne.
I forbindelse med udarbejdelsen af Grønt Danmarkskort har kommunen udpeget en række værdifulde naturområder, som kædes sammen af økologiske forbindelser, der skal sikre dyrenes og planternes bevægelse mellem områderne. De fleste værdifulde områder og forbindelser ligger langs kysterne, i Natura 2000-områderne og Langesøskovene samt ved vandløbene. Langesøskovene, Enebærodde og et område ud mod Odense Fjord er desuden udpeget som særlig værdifulde landskaber. Flere af naturområderne plejes med fx græsning og høslæt. Plejen omfatter også vådområder og småbiotoper som vandhuller, diger og levende hegn.
Nordfyns Kommune er forholdsvis skovfattig, og for at øge skovarealet har kommunen udpeget en række områder til mulig ny skovrejsning. De udpegede arealer ligger hovedsagelig vest for Otterup og sydøst for Bogense.