Beliggenheden ud til Storebælt giver Nyborg Kommune en del kystnær natur, og det er også langs kysten, man finder nogle af de største naturværdier. Naturen og landskabet er dog udfordret af bl.a. en betydelig infrastruktur som Storebæltsforbindelsen og Fynske Motorvej samt påvirkningen fra det omfangsrige landbrug. Da naturen spiller en vigtig rolle for både bosætning og turisme, udarbejdede kommunen i 2015 en generel naturpolitik, som ikke kun havde fokus på biodiversiteten, men også på naturformidling og friluftsliv.
For at sikre den biologiske mangfoldighed arbejder naturforvaltningen på at udvikle større sammenhængende naturområder. Samtidig har kommunen udpeget et netværk af økologiske forbindelser, der skal gøre det muligt for dyr og planter at sprede sig mellem de ofte fragmenterede naturområder.
Det samlede skovareal i kommunen ligger under landsgennemsnittet, og for at nå målsætningen i Danmarks Nationale Skovprogram om, at 20‑25 % af landet skal være skovdækket inden udgangen af det 21. århundrede, er der udpeget flere områder til mulig ny skovrejsning. Områderne ligger bl.a. omkring Nyborg og Refsvindinge samt ved Aunslev og Hjulby.
