Sønderborg Kommune rummer stedvis store naturværdier, ligesom oplevelsen af naturen og især de kystnære landskaber spiller en vigtig rolle for bosætning, turisme og befolkningens generelle sundhed. Kommunen arbejder derfor på både at fastholde og øge den biologiske mangfoldighed og at sikre befolkningens adgang til naturen.
I forbindelse med det nationale Grønt Danmarkskort har kommunen bl.a. udpeget en række naturområder af særlig naturbeskyttelsesinteresse. De omfatter hovedsagelig Natura 2000-områderne, statsskovene og mange af de fredede arealer. Naturområderne forbindes af et netværk af spredningskorridorer, hvor ændringer i arealanvendelsen ikke i nævneværdig grad må forringe dyrenes og planternes spredningsmuligheder.
Kommunens skovareal er langt fra målet i det nationale skovprogram fra 2002 om, at 20‑25 % af Danmarks areal skal være skovdækket inden udgangen af det 21. århundrede. Sønderborg Kommune har derfor udlagt flere arealer til mulig ny skovrejsning, bl.a. nord for Dybbøl, øst for Sønderskov, ved Nordborg og nord for Guderup.
Derudover har kommunen opsat en række fokuspunkter, der skal styrke friluftslivet. Eksempelvis ønsker Sønderborg at blive kendt som en attraktiv lystfiskerkommune. Det skal bl.a. ske ved at åbne rørlagte vandløb, sikre ørredernes opgang i åerne og styrke fiskebestandene ud for kysten ved udlægning af stenrev.
