Skanderborg Kommune har flere naturområder med stedvis store biologiske værdier. I forvaltningen arbejder kommunen for at bevare, forbedre og, hvor det er nødvendigt og muligt, genskabe mangfoldigheden af svampe, dyr og planter. Det sker ud fra princippet »mest natur for pengene«, hvilket betyder, at man i forvaltningen prioriterer områderne med den største biodiversitet højest. Derudover er Skanderborg sammen med Horsens, Hedensted, Silkeborg, Favrskov, Viborg og Randers Kommuner medlem af Gudenåkomitéen, som skal sikre en fælles forvaltning af åens ca. 160 km lange løb gennem Østjylland.
Trods de mange sammenhængende naturarealer er der risiko for fragmentering af især de mindre, mere isolerede områder. For at sikre spredningsmuligheder for dyr og planter er der derfor udpeget en række økologiske forbindelser mellem naturområderne. Eksempelvis skal Lyngbygård Ådal forbinde naturområder i den nordlige del af Skanderborg Kommune med naturområder i Silkeborg og Aarhus Kommuner.
Som led i statens mål om at øge det danske skovareal til 20‑25 % inden for en trægeneration har Skanderborg Kommune udpeget ca. 1.520 ha til mulig ny skovrejsning. De nye skovarealer skal bl.a. beskytte grundvandet og øge den biologiske mangfoldighed. Desuden indgår de i kommunens mål om, at såvel indbyggere som turister får bedre mulighed for at dyrke friluftsliv. Ud over mere skov skal det fx ske ved øget afmærkning af stier, skiltning af faciliteter som legepladser, grillpladser og sheltere samt ved at arrangere forskellige naturevents.
