Naturforvaltningen i Vordingborg Kommune arbejder meget praktisk orienteret og har særligt fokus på at kende en række arters bestande og levesteder. Det skyldes, at kommunen huser en lang række sjældne og sårbare plante- og dyrearter, som kræver en særlig indsats. Derfor fører man løbende tilsyn med adskillige sårbare og sjældne arter.
Man har fx undersøgt forekomsten af flagermus i kommunen. Det store antal arter i kommunen har national betydning. Også blandt insekterne har Vordingborg Kommune en række særlig sjældne arter blandt dag- og natsommerfugle samt biller. Særligt klokkefrøen har haft stor bevågenhed. Her deltager kommunen i projektet LIFE Clima-Bombina, der skal sikre nye levesteder for klokkefrø, løvfrø, løgfrø og fugle for at modvirke klimaforandringer i kystnære områder. Projektet er et samarbejdsprojekt med Miljøstyrelsen og andre samarbejdspartnere, bl.a. en tysk partner.
Kommunens udstrakte kystområder betyder, at der er mange vigtige yngleområder for vandfugle. Hvert år optæller man ynglefugle på Nyord Enge, øen Sækkesand og i Jordbassinerne ved Stege, som er tre af de vigtigste yngleområder. Tilsvarende er der fokus på en række sjældne planter, ikke mindst orkidéer. Kommunen er Danmarks bedste orkidékommune.
Flere steder har Vordingborg Kommune arbejdet med sikring af naturlige vandstandsforhold som en del af vandplanerne. Her anlægges der vådområder for at formindske kvælstoftilførslen til kystvandene. Kommunen udfører også løbende restaureringsprojekter i både offentlige og private vandløb i samarbejde med grundejere.
Staten ejer store naturområder i Vordingborg Kommune, og her er det Naturstyrelsen, der står for natur forvaltningen. På Østmøn har man fældet træer og buske og sørget for græsning på de værdifulde overdrev. På strandengene ved Avnø sørger man også for, at naturen plejes med henblik på at opnå optimale betingelser for dyr og planter.
Vordingborg Kommune har udpeget et par større sammenhængende landskaber (Knudshoved Odde og Avnø), hvor man ønsker at friholde landskabet for tekniske anlæg, der visuelt og støjmæssigt påvirker landskabsoplevelsen. Ud over disse områder har man udpeget områder, som har særlig landskabelig værdi, med henblik på at disse værdier skal bevares.
