Den aflange, let krumme og ca. 220 ha store Nekselø ligger i Nekselø Bugt ud for Havnsø. Der har været menneskelig aktivitet på den kystnære ø siden ældre stenalder. I middelalderen har den været delt mellem Aarhus’ og Roskildes bispesæder og overgik efter Reformationen i 1536 til kronen. Efterfølgende har Nekselø været på skiftende hænder, inden den i 1805 ved salg til øboerne overgik til selveje. I dag har øen 17 indbyggere (2021) og kan nås med færge fra Havnsø.
Tidligere har Nekselø været opdyrket, hvor det har været muligt, men i dag er landbrugsdriften næppe rentabel. Størstedelen af øen består derfor af bakkede overdrev, der afgræsses af får og kreaturer. Mens vestkysten præges af høje erosive klinter med stenede strande, er klinterne langs østkysten oftest bevoksede, og strandene er sandede. I den nordlige ende af øen afsnører en tange strandsøen Sømose, og syd for søen ligger strandvolde med mellemliggende, aflange småsøer. Længst mod syd ses et vinkelforland, hvor der er bygget odder ud fra begge sider af øen, hvilket har afsnøret et område af krumodder med små strandsøer. Syd for havnen i øst ligger resterne af den oprindelige skov, som engang dækkede stort set hele øen. Fremover skal det lille skovareal bevares som urørt skov.
Nekselø har Storebæltsklima med mindre nedbør, højere temperaturer og flere solskinstimer end landsgennemsnittet. Det særlige klima kommer bl.a. til udtryk i plante og dyrelivet, som omfatter en række sjældne og usædvanlige arter. Plantelivet tæller fx arter som agerkohvede, kantet kohvede, kornridderspore, kystmarkarve, bakkesoløje og svalerod, mens insekterne er repræsenteret ved arter som den dagflyvende tigersnerleugle, der her har sit formentlig eneste danske bofaste levested. Blandt padderne er Nekselø især kendt for sin bestand af klokkefrøer, som yngler i de lune, solbeskinnede vandhuller. Tidligere fandtes også både strandtudse og grønbroget tudse på øen, men de lader til at være forsvundet igen. Derudover huser øen en tæt bestand af rådyr, mens fuglelivet bl.a. omfatter en større hættemågekoloni ved Sømose i nord.
I 1951 blev Nekselø fredet. Fredningen var dog ikke tilstrækkelig og blev i 1985 erstattet af en ny. Øen er desuden udpeget som både habitat, fuglebeskyttelses og Ramsarområde.
