Nikolaj Kunsthal hører under Københavns Kommune og har til huse i Nikolaj Kirke. Den store brand i København i 1795 satte et punktum for bygningens tid som kirke. I perioden 1917‑58 husede bygningen Københavns Kommunes Hovedbibliotek og 1958‑78 Orlogsmuseet samt skiftende kunstudstillinger.
I 1957 etablerede kunstpioneren Knud Pedersen et kunstbibliotek i bygningen, hvor man kunne låne kunstværker. Op igennem 1960’erne dannede Nikolaj rammen om en række avantgardemanifestationer, bl.a. blev nogle af de første internationale Fluxus-happenings opført her i 1962. I 1981 blev Nikolaj, Københavns Kommunes Udstillingsbygning, en realitet. Siden midten af 1990’erne har stedet haft fokus på den eksperimenterende samtidskunst, fra 2011 under navnet Nikolaj Kunsthal.