Johannes Hage var storsamler af europæisk barok- og renæssancekunst, og det er hans privatsamling, der kom til at danne grundlag for Nivaagaards Malerisamling. I 1903 lod Hage arkitekten Johan Schrøder opføre en museumsbygning i haven til Nivågård, og i 1908 omdannede han samlingen til en selvejende institution med adgang for offentligheden. I 1983 opnåede museet status af statsanerkendt museum.
Museet har en enestående malerisamling, der primært spænder over værker fra den italienske renæssance og nederlandske barok fra 1500- og 1600-tallet til dansk guldalder. En af samlingens perler er Rembrandts alvorlige og klare Portræt af en 39-årig kvinde fra 1632; det eneste Rembrandt-portræt i Danmark, hvis ægthed aldrig har været betvivlet.
Bygningen er udvidet og ombygget ad flere gange, i 1989 og 1992‑93 ved David Bretton-Meyer og 2005‑08 ved Bertelsen & Scheving arkitekter.
