Den ca. 56 ha store Nordborg Sø ligger ved Nordborg på Als i en langstrakt tunneldal med stejle skrænter, der fortsætter ned under vandoverfladen. Det giver søen en middeldybde på ca. 5 m og en størstedybde på hele 8,5 m. Mens landbrugsarealer ligger ned til Nordborg Søs nordlige bredder, kantes resten af den langstrakte sø af Nordborg og landsbyerne Langesø og Lavensby.
Søen har afløb til Lillebælt via Nordborg Bæk, der forlader søen i vest. I dag ejes Nordborg Sø af Idrætsfonden på Nordals, som fik den i gave af fabrikant Mads Clausen i anledning af Danfoss’ 25-års jubilæum d. 3. juli 1958.
Søen er kraftig belastet af næringsstoffer fra tidligere spildevandsudledning og næringsstoffer fra landbruget i oplandet. Det gør vandet uklart og giver algeopblomstringer om sommeren, hvor sigtdybden kan falde ned til 0,1 m. På bunden er der opbygget en stor fosforpulje, som frigiver fosfor til vandet og derved bevarer søen i en ringe miljøtilstand. I et forsøg på at gøre vandet klarere blev der i 2006 spredt 340 tons aluminiumklorid ud i søen, hvilket var det hidtil største forsøg på sørestaurering vha. aluminium. Formålet var at binde søbundens fosfor som uopløseligt aluminiumfosfat. I første omgang lod forsøget til at virke, og vandet i Nordborg Sø blev klarere. Det var dog en stakket frist, og i dag lider søen atter af næringsbelastning og uklart vand.
Hist og her langs søbredden vokser smal- og bredbladet dunhammer sammen med bl.a. søkogleaks og brudelys, men ellers består søens forholdsvis beskedne planteliv især af flydebladsplanter som gul åkande, hvid nøkkerose og vandpileurt.
Fiskebestanden domineres af aborre, skalle og brasen, men omfatter også gedde, sandart og ål. Blandt lystfiskere er Nordborg Sø dog især kendt for sine store karper, som i visse tilfælde når størrelser på mere end 10 kg.
Der er iagttaget næsten 160 forskellige fuglearter ved søen, der bl.a. benyttes som overvintringsplads af knopsvane, stor skallesluger, taffeland, troldand, gråand og blishøne. Visse år er der også set isfugl ved søen.
