De ældste spor efter mennesker på Læsø stammer fra en fremskreden del af bondestenalderen, ca. 3000 f.Kr., da endnu kun den nordvestlige del af øen var dannet. Det var ikke bønder, som kom til Læsø, men fangstfolk hørende til kystkulturen, den grubekeramiske kultur (ca. 3100- ca. 2900 f.Kr.), der også beboede de nordjyske og vestsvenske kyster. Deres efterladte affald og redskaber består bl.a. af skrabere og pilespidser af flint samt keramik. At de valgte at søge mod Læsø, skyldtes formentlig jagten på gråsæl. Aktiviteter fra yngre stenalders slutfase, senneolitikum (ca. 2350- ca. 1700 f.Kr.), kan man ligeledes finde spor af på Læsø. Der er dels fundet dolke og pilespidser af flint, dels råflint hugget til som små planker, der nok er tiltænkt videre forarbejdning på fastlandet.
Man har derimod ikke fundet spor fra bronzealderen, hvilket er blevet forklaret med, at øen kortvarigt var oversvømmet.