Padborg opstod ved Genforeningen i 1920, hvor den nye grænse krydsede jernbanen. Der havde ganske vist været et jernbaneknudepunkt på stedet siden åbningen af jernbanen Padborg-Tørsbøl-Sønderborg i 1901, men det havde kun skabt et ganske lille samfund.
Allerede i 1920 rykkede toldvæsen og politi til grænsestationen, og byen fik det afgørende skub, da DSB i løbet af 1920’erne opbyggede en grænsebanegård på stedet. Den åbnede i 1928 og havde over 150 ansatte i 1930. Banefolk og de øvrige offentligt ansatte udgjorde da halvdelen af alle erhvervsaktive. Indbyggertallet voksede betydeligt; i 1925 var det på 714, men 25 år efter lå det på 2.292. Byen fik et vist handelsliv. Skolen var fælles med landsbyen Frøslev og bygget nær den, men udviklede sig kraftigt og fik såkaldt købstadsordning med mellemskole i 1933. Året før kom der tysk privatskole i byens modsatte ende.
Byen begyndte at vokse frem langs den gamle hærvej, men allerede i 1923 blev der udarbejdet en ambitiøs byplan, som de kommende års vækst dog ikke formåede at udfylde, så resultatet blev temmelig spredt.
Efter Besættelsen voksede banegården yderligere, men det private transporterhverv blev nu den vigtigste vækstmotor. Allerede fra 1920’erne havde speditører etableret sig i byen, og det udviklede sig efter 1945 til en betydelig erhvervsgren. Villakvartererne voksede frem på begge sider af jernbanen, og byen groede efterhånden sammen med landsbyerne Frøslev og Bov.
Åbningen af motorvejen i 1978 gav udviklingen i transporterhvervet et nyt skub fremad. Speditions- og eksportvognmandsfirmaer etablerede sig i stort tal mellem jernbanen og motorvejen nordvest for byen. Det blev yderligere fremmet ved etableringen af et fælles dansk-tysk toldområde midt i erhvervsområdet. Padborg blev ét af landets vigtigste centre og knudepunkter for international landevejstransport. Derimod svandt jernbanens betydning ind, skønt der i 1986 blev etableret en station for kombineret transport med veksellad.
I forbindelse med Kommunalreformen i 1970 blev Padborg administrativt centrum i Bov Kommune. Det medførte nyt rådhus og ny centralskole. Derimod fik Padborg ingen større betydning som handels- og serviceby for oplandet. Befolkningstallet, der i 1970 lå på 3.658, var i 2006 vokset til 4.534.
