Syd for Saltholm ligger den ca. 130 ha store Peberholm, som blev anlagt 1995‑99 i forbindelse med byggeriet af Øresundsforbindelsen. Øen er opbygget af ca. 8 mio. m3 havbundsmateriale og blev formgivet af Jørgen Vesterholts Tegnestue. De stenklædte kystlinjer er udformet som præcise, konkave kurver med lavninger og stenhøfder.
Peberholm blev ikke beplantet, og siden øens anlæggelse er dyre- og plantelivets indvandring blevet fulgt tæt. Indtil videre er der registreret over 550 plantearter, heriblandt sjældenheder som hård hjørneklap, knopnellike, kvasthøgeurt og dansk astragel. Mange af arterne er dog forsvundet igen, efterhånden som plante- og dyrelivet på øen har udviklet sig. Det gælder bl.a. den meget sjældne kalkvejsennep, som var en ny art for Danmark, da den blev fundet i 1999, samt grønbroget kålsommerfugl, der ynglede på øen 2003‑06.
Seks arter af måger, heriblandt hættemåge og den sjældne sorthovedet måge, ynglede på øen 2008‑09, men siden er antallet gået tilbage. Indtil Peberholm groede til, husede den også en stor splitternekoloni samt Danmarks største dværgternekoloni. Ud over måger og terner omfatter ynglefuglene i dag bl.a. grågås, stor præstekrave, vibe, strandskade og klyde samt skarven, der har anlagt en koloni i det tætte pilekrat. I træktiden raster desuden mange skarver, gæs og ænder på og omkring øen, der også benyttes som overvintringsplads af nogle få havørne.
Peberholm indgår i det habitat- og fuglebeskyttelsesområde, som også omfatter Saltholm. Der er ikke offentlig adgang til øen.
Peberholm set fra nordvest hvor Øresundsmotorvejen og Øresundsbanen dukker op fra Øresundsforbindelsens sænketunnel.
