I Ærø Kommune er 83,1 % medlemmer af folkekirken, hvilket ligger over landsgennemsnittet på 74,3 % (2020). Kommunen er en del af Langeland-Ærø Provsti, som ligger i Fyens Stift. Ærø Kommune har seks sogne, som siden 2012 har udgjort ét pastorat med ét fælles menighedsråd. Fire præster, hvoraf den ene er på halv tid, betjener øens syv kirker, hvoraf Ommel Kirke, der blev opført som filialkirke i Marstal Sogn, er den yngste, indviet i 1894.
Forbindelsen mellem Ærø og Sønderjylland blev afspejlet i oprettelsen af Als-Ærø Stift i årene 1819-64. Siden 1866 har Ærø hørt under Fyens Stift. Fra Rise Sogn udskiltes Marstal Sogn i 1766, hvor siden Indre Mission i slutningen af 1800-tallet manifesterede sig med missionshuse i Marstal, kaldet Bethesda, og Ommel med navnet Bethania. Begge blev bygget i 1889. Tilsvarende blev missionshuset Mamrelund bygget i 1885 i Ærøskøbing, mens Tabor indviedes i 1905 i Rise Sogn. Derudover var der intet retningspræg på Ærø, som især var præget af en gammeldags kirkelighed, ikke mindst i sognene Tranderup, Bregninge og Søby. Søby Sogn, der i midten af 1800-tallet havde en grundtvigsk vækkelse, var anneks til Bregninge Sogn og blev udskilt i 1869.
