Folkekirkens medlemsandel i Faaborg-Midtfyn Kommune udgør 84 %, hvilket ligger over landsgennemsnittet på 74,3 % (2020). Kommunen består af sognene i Faaborg og Midtfyn Provstier, 36 sogne i alt, der betjenes af 28 præster. De to provstier har i alt 28 menighedsråd. Faaborg Pastorat er efter 2010 vokset og har fire sogne: Faaborg, Diernæs og de to øsogne Avernakø og Lyø.
De gudelige vækkelser i 1800-tallet fik ikke stor indflydelse i Faaborg Provsti, hvor man hellere holdt sig alene til sognets gudstjeneste. Dog var der livlig mødeaktivitet og højskolesang i de mange forsamlingshuse på egnen, mens der kun blev opført tre missionshuse i provstiet i hhv. Faaborg, Horne og Sønder Broby.
Midtfyns Provsti har siden midten af 1800-tallet været præget af vækkelser og et markant grundtvigsk liv, centreret omkring Ryslinge, hvor der både er en grundtvigsk valgmenighed og frimenighed. Der er også en valgmenighed i Sønder Nærå.
Egnen har i dag mange fri- og efterskoler med et grundtvig-koldsk livssyn: Bernstorffsminde Efterskole, Broby Fri- og Sportsefterskole, Faaborgegnens Fri- og Efterskole, Gislev Friskole, Haastrup Friskole, Hjemly Idrætsefterskole, Krarup Friskole, Ringe Fri- og Efterskole, Rudme Friskole, Ryslinge Friskole, Ryslinge Efterskole, Sdr. Nærå Friskole og Trunderup Friskole.