Favrskov Kommune rummer ikke mindre end 35 sogne, der udgør Favrskov Provsti i Aarhus Stift. 84,2 % af kommunens indbyggere er medlemmer af folkekirken mod 74,7 % på landsplan (1. jan. 2019). Trods den høje medlemsprocent er der i kommunen mange små flerpastoratsogne og en lav kirkelig aktivitet, fx er der i sognene Granslev og Lerbjerg blot gudstjeneste en gang om måneden.
Mens andre dele af landet blev stærkt påvirket af de mange vækkelser i slutningen af 1800-tallet, var det kirkelige liv på egnen hovedsagelig uberørt af disse. Der trivedes her en traditionsbevarende indstilling til kirken. Således findes der mange eksempler på stærke reaktioner imod præster, der forbrød sig mod sædvanen, fx ved for pågående omvendelsesprædiken eller uanstændig opførsel. Først sent i 1800-tallet bredte der sig eksempler på grundtvigiansk menighedsliv og små indremissionske kredse. Bevægelserne blev især udbredt i sogne, hvor nye præster medbragte sådanne påvirkninger, mens den almindelige befolkning de fleste steder havde nok i traditionel kirkelighed.
De to nye stationsbyer Hadsten og Ulstrup var i en lang periode uden kirker. I Hadsten holdt sognepræst og forfatter P.E. Benzon, der var præst i perioden 1901-22, fra 1911 gudstjenester i missionshuset, indtil kirken stod færdig i 1919. Ulstrupbro Kirke er opført i årene 1953-61 på baggrund af et stort lokalt engagement og et vellykket lotteri med en Folkevogn som hovedgevinst.
Hadsten Højskole er en grundtvigiansk folkehøjskole grundlagt i 1876.
Frijsenborg Slot har både lagt navn til den nærliggende grundtvig-koldske Frijsenborg Efterskole (oprettet under navnet Frijsenborgegnens Ungdomsskole i 1949) og den grundtvig-koldske Frijsendal Friskole fra 2008.
I stationsbyen Laurbjerg blev Indre Missions navnkundige formand Christian Bartholdy født, mens hans far, Johan Peder Bartholdy, der var præst i byen i perioden 1888-96, satte sig få spor. Andre steder, som fx i Vitten, sporedes fra omkring 1875 indflydelse fra Lars Bjørnbaks skole i Viby syd for Aarhus, der dygtiggjorde bønder og handelsfolk. I modsætning til de grundtvigske skoler dyrkede Bjørnbaks skole kundskaber frem for åndelig vækkelse, hvilket ikke skærpede den kirkelige interesse.
Frikirker har ikke i synderlig grad slået rod i kommunen. Der er et indremissionsk samfund i Hinnerup, hvor en ny tilbygning til missionshuset blev indviet i 2017, bl.a. finansieret af penge fra salget af missionshuset i Hammel (indviet 1904). Missionshuse i hhv. Hinnerup og Thorsø (begge indviet 1920) er derefter de eneste missionshuse i kommunen, som fortsat ejes af Indre Mission. Den indremissionske valgmenighed Bykirken i Favrskov blev stiftet i 2013 i tilknytning til Grundfør Kirke nær Hinnerup. Hinnerup har ikke en kirke, men i 2013 blev en ny sognegård i byen indviet som erstatning for den gamle sognegård. Fra 1994 til 2015 havde Jehovas Vidner en rigssal i Hadsten. Siden salget af salen har medlemmerne taget til møder i rigssalen i Randers.
