Religion og trossamfund i Fredericia Kommune, 79,8 % (1. jan, 2020) af kommunens indbyggere er medlemmer af folkekirken, hvilket ligger over landsgennemsnittet på 74,3 %. De 11 sogne i kommunen hører under Fredericia Provsti i Haderslev Stift. De fleste er forstadssogne, dog findes der også landsogne. Sognene Bredstrup og Pjedsted er slået sammen til et pastorat med fælles menighedsråd.
Byen Fredericia er inddelt i de to ældre sogne Trinitatis og Sct. Michaelis samt de fire yngre forstadssogne Christians, Erritsø, Hannerup og Lyng Sogne, der blev selvstændige sogne i hhv. 1949, 1957, 1974 og 2003. Fredericias status som religiøs fristad skabte betingelserne for en relativt stor mangfoldighed af menigheder i byen før 1849. Heraf eksisterer den reformerte og den katolske menighed fortsat i 2020. De grundtvigianske tanker har levet stærkt på Højskolen Snoghøj. Kommunens sogne har siden midten af 1800-tallet været domineret af Kirkeligt Centrum og Indre Mission, som samarbejdede i Fredericia og omegn. Den senere biskop i Ribe Viggo Gøtzsche, der i perioden 1861-68 var kapellan ved Trinitatis Kirke og i perioden 1875-95 sognepræst ved Sct. Michaelis Kirke, samlede på landsplan en vældig kirkelig modstand mod den grundtvigsindede valgmenighedslov, som lige akkurat blev vedtaget i Rigsdagen i 1868. Efterfølgeren, sognepræst ved Sct. Michaelis Kirke 1890-1915 Frederik Zeuthen, var medlem af Indre Missions bestyrelse og formand fra 1901. Uden for Fredericia var Taulov missionsk centrum med kendte lægfolk, bl.a. Jens Hansen Holt.
Indre Mission har fortsat aktive missionshuse i Smidstrup (opført 1882), på Nørre Voldgade i Fredericia (opført 1891), i Erritsø (opført 1901) og i Taulov (opført 1990, som erstatning for det ældre fra 1908). Bredstrup Missionshus blev solgt i 1995. Indre Missions landskvarter, Indre MissionsHus på Korskærvej, blev indviet i 1971. Siden 2009 har en korshærspræst været tilknyttet Trinitatis Kirke. Denne holder her månedlige gudstjenester for udsatte borgere og betjener Kirkens Korshærs varmestue fra 2006, som i 2009 blev indrettet i Danmarksgade. Fredericia Provsti har tilknyttet en del funktionspræster. To døvepræster, der betjener Døvemenigheden i Syddanmark, er knyttet til provsten i Fredericia Provsti og holder bl.a. gudstjenester for døve i Christians Sogn. Menigheden blev stiftet i 1910 og har traditionelt været knyttet til skolen for døve, som i 1882 blev indviet i Fredericia, i dag Center for Høretab Merkurvænget.
I 1974 dannede to tyrkiske svejsere fra Shell Raffinaderiet, Melvüt Kurt og Maksut Hendem, en af Danmarks første tyrkiske kulturforeninger. I 1975 indrettede foreningen sig i et byhus i Vendersgade i Fredericias bymidte, og i 1984 etablerede foreningen sig som Fredericia Tyrkisk Moské. Den er siden blevet en del af Dansk Tyrkisk Islamisk Stiftelse (Diyanet), der blev anerkendt som trossamfund i 2006 og tæller 30 menigheder i Danmark. I 2018 indrettede foreningen moskéen i en tidligere industribygning på Korskærvej i Fredericia.
Den sunnimuslimske bosniske moské, BiH-SAN (Dzemat) Fredericia på Nørrebrogade, er en ud af ca. 13 (2017) menigheder under Det Islamiske Trossamfund af Bosniakker i Danmark (Rijaset). Moskéen blev etableret som Bosnisk Kulturforening i Fredericia i 2009. Den somaliske moské, Somalisk Kulturforening, har siden 2010 ligget på Vesterbrogade i Fredericia.