I Furesø Kommune ligger den folkekirkelige medlemsprocent på 68 % (2017), hvilket ligger under landsgennemsnittet på 75,9 %. Ballerup-Furesø Provsti ligger i Helsingør Stift og har syv sogne (heraf fire i Ballerup Kommune) fordelt på seks pastorater med 26 sognepræster og syv menighedsråd. Ungdomsarbejdet varetages bl.a. af kredsen FDF Kirke-Værløse.
De kirkelige vækkelser i 1800-tallet havde også deres virke i Farum og Værløse Sogne. Kendt var den grundtvigske præst E. Mau, der var virksom på egnen i årene 1863‑80. Områdets vækkelser blev dog især fremmet på initiativ af lægprædikanten Jens Larsen, der i hele Nordsjælland var kendt under betegnelsen »Smeden fra Værløse«. Hans åndelige inspiration blev hentet i Vartov Kirke ved N.F.S. Grundtvigs gudstjenester. Senere sluttede Jens Larsen sig til irvingianerne (Katolsk-Apostolsk Kirke) i Danmark.
Værløse Sogn blev skilt fra Farum Sogn i 1921. Til Værløse Sogn hørte Hareskov Villaby (nu Hareskovby), der fik eget kirkedistrikt i 1929 med nybygget kirke. Hareskov blev annekssogn fra 2010 med eget menighedsråd. Yderligere blev Værløse Kirke med menighedslokaler indviet i 1971. I Farum Sogn har udviklingen været den samme, og da Farums middelalderkirke ikke længere kunne klare betjeningen, blev Stavnsholtkirken opført i 1981.
I Farum ligger Farum Moske, som er en menighed under Dansk Tyrkisk Islamisk Stiftelse, det største muslimske trossamfund i Danmark. Farum Moske blev etableret i 1980’erne og har været på den nuværende adresse siden begyndelsen af 1990’erne.
