Den folkekirkelige medlemsprocent ligger på 82,6 % i Haderslev Kommune, hvilket ligger over landsgennemsnittet på 74,3 % (2020). Haderslev Domprovsti, hvor alle sogne i kommunen hører til, ligger i Haderslev Stift og har 27 sogne fordelt på 18 pastorater med 30 sognepræster og 25 menighedsråd. Efter krigen i 1864, hvor Slesvig Stift kom på tyske hænder, blev det gamle store Haderslev Provsti, der gik fra Kolding Fjord til Genner Bugt, stort set bevaret. I den tyske tid fastholdt man det såkaldte helsognsprincip, hvor Nordslesvig blev betjent af tosprogede præster.
Med Genforeningen i 1920 skulle de ansatte præster kun forrette tjeneste på dansk, og der blev oprettet særlige folkekirkelige embeder til det tyske mindretal, bl.a. i Haderslev. I landsognene opstod der en del tyske frimenigheder som betjente det tyske mindretal og var underlagt Slesvigs tyske biskop. Det gjaldt også i mellemkrigstiden, hvor det tyske mindretal oprettede en frimenighed i Sønder Vilstrup.
Genforeningen betød en langvarig proces med tilpasning til folkekirkelige forhold og kirkelige love. Der skulle stemmes om, hvorvidt de hidtidige nordslesvigske præster fortsat kunne virke i deres sogn, hvilket var tilfældet langt de fleste steder. Haderslev Stift blev oprettet i 1922, og Vor Frue Kirke i Haderslev blev ophøjet til stiftets domkirke. Samtidig blev der indført menighedsråd.
I mellemkrigstiden var kirkelivet fortsat præget af den nordslesvigske selvstændige salme- og gudstjenestetradition. Tilpasning til folkekirkens gudstjenesteritual og salmebog blev først endegyldig med indførelsen af Den danske Salmebog i 1953. Med Kommunalreformen i 1970 og Strukturreformen i 2007 skete der nye ændringer, idet Haderslev Provsti først blev delt mellem Haderslev Domprovsti og Vojens-Christiansfeld Provsti, siden blev sidstnævnte provsti nedlagt, og dets sydlige del lagt under domprovstiet.
Den nordslesvigske Indre Mission udviklede sig med H. Tonnesen, der i sit lange præstevirke i årene 1888‑1927 i Hoptrup Sogn fik skabt en vækkelse på hele egnen. I 1896 indviedes Nordslesvigs første missionshus i Hoptrup. Med Genforeningen gav KFUM/KFUK og Indre Mission sønderjyderne Hoptrup Højskole, som måtte lukke i 2003. Tilsvarende etablerede de grundtvigiansk vakte Haderslev Frimenighed i 1894 med egen kirke, Kristuskirken, der blev opført 1896‑97 af Andreas Hagerup støttet af den grundtvigianske organisation Kirkeligt Samfund. Frimenigheden blev nedlagt i 1972. Hoptrup Efterskole og Vojens Gymnastik- & Idrætsefterskole bygger på de grundtvig-koldske tanker. Sankt Marie Kirke og katolske menighed (stiftet 1907) blev etableret i Haderslev i 1908 og er fortsat aktiv.
I Vojens ligger Vojens Nagapoosani Amman Temple, som er et srilankansk- tamilsk hindutempel (anerkendt 2017). I Haderslev ligger moskéen Islamisk Center Haderslev i en bygning, der ejes af foreningen Familie Aktivitetshuset.
