De 36 sogne i Herning Kommune er inddelt i to provstier, Herning Søndre og Herning Nordre. Provstierne er dannet i forbindelse med Strukturreformen i 2007, hvor de afløste Aulum og Herning Provstier. Den middelalderlige stiftsinddeling blev fulgt indtil 1922, hvorfor områdets herreder indtil da hørte under Ribe Stift. Ved stiftsændringen i 1922 blev sognene omkring Herning lagt under Viborg Stift. 82,3 % af kommunens indbyggere er medlem af folkekirken, hvilket er væsentligt over landsgennemsnittet på 74,7 % (1. jan. 2019).
Hele det gamle midtjyske hedeland er karakteriseret ved et meget aktivt kirkeliv med historiske vækkelser. Herning er i dag centrum for en stor del af det kirkelige liv, men i 1800-tallet var sogne som Snejbjerg og Sdr. Felding arnesteder for den tidlige jyske vækkelse. Anledningen til den tidlige vækkelse havde – som mange andre steder i Jylland – været modstanden mod indførelsen af biskop Nikolaj Edinger Balles lærebog ved konfirmationsundervisningen i 1791 og ligeledes indførelsen af den rationalistisk prægede Evangelisk-christelig Psalmebog.
I 1860’erne blomstrede en særlig højhellig vækkelsesretning op, som stædigt fastholdt en gammelluthersk tilgang med oplæsning af Luthers skrifter i gudstjenesten, fastholdelse af Kingos Salmebog fra 1600-tallet og daglige læsninger i lutherske huspostiller. Denne gren af vækkelsen eksisterer i dag kun omkring frimenigheden Kristeligt-Lutheransk Trossamfund, der blev stiftet i Tjørring i 1863 (med egen kirke på Sebbesandevej og indtil 2009 egen friskole). Menigheden blev ekskluderet fra folkekirken pga. sit ønske om at lade ukonfirmerede børn gå til alters ved nadveren. Denne praksis, der var påvirket af grundtvigianismen, var dengang ikke tilladt i kirken, men i dag følger folkekirken disse jyske »højhelliges« praksis. Menigheden er den eneste i Danmark, der stadig benytter Kingos Salmebog som primær salmebog ved gudstjenesterne, ligesom der endnu praktiseres hjemmedåb. Vækkelsen i området udviklede sig dog fra 1850’erne først og fremmest i to hovedspor: en missionsk og en grundtvigiansk vækkelse. Disse to bevægelser præger endnu i dag hele folkekirkelivet på Herningegnen med missionsbevægelsen som det dominerende flertal.
Områdets mange missions- og forsamlingshuse er rejst af de to retninger, nogle gange endog i direkte konkurrence med hinanden. Det lykkedes fx for grundtvigianerne i Ørre at åbne deres forsamlingshus, kun én uge førend missionsfolkenes hus, Nasaret, stod færdigt i nabobyen i 1889. I Herning er missionshuset Bethania fra 1898 med sin centrale placering på torvet et godt eksempel på bevægelsens store rolle. Bethania er stadig samlingspunkt for et stort menighedssamfund.
Dr.theol. Johannes Gøtzsche var præst og siden provst i Herning 1900- 20. Han blev biskop for Viborg Stift i 1921, som den sidste kongelig udnævnte biskop før bispevalgloven af 1922, og blev dermed den mest markante indremissionske biskop gennem tiden.
I Herning Kommune er der endnu mange aktive missionssamfund, bl.a. Nøvling, Tanderupkær, Snejbjerg, Haderup, Aulum, Kibæk, Skarrild og Kølkær. Andre steder er der aktive grupper, fx søndagsskoler, kor mv. tilknyttet sognekirkerne. Hammerum har ingen kirke, men til gengæld vidner missionshus og valgmenighedskirke om vækkelsernes betydning, også i dag. Missionshuset Silo (i dag: Hammerum Missionshus, indviet 1923; afløser for et tidligere) står flot midt på hovedgaden og er bygget med tilhørende gymnastiksal. Hammerum hører til Gjellerup Sogn, men i daglig tale omtales den grundtvigianske Gjellerup Valgmenighedskirke (indviet 1924) som Hammerum Kirke. Valgmenighedskirken blev bygget af Herning-Gjellerup Valgmenighed, der blev dannet i 1904 omkring præsten Enevold Terkelsen, efter at grundtvigianerne tabte det første menighedsrådsvalg i 1903. Da der i praksis var tale om to menigheder med fælles præst – hvilket også afspejles i navneforandringen i 1986 til Herning og Gjellerup Valgmenigheder – var løsningen med en enkelt kirke ikke holdbar i længden. Derfor fik den del af menigheden, der hørte hjemme i Herning, en egen kirkebygning i 1954 opført i tidens stil: Herning Valgmenighedskirke er et moderne og næsten kvadratisk rum uden udsmykning. Ved kirkens 50-års jubilæum og menighedens 100-års jubilæum blev den renoveret og fik udsmykning af Arne Haugen Sørensen.
Enevold Terkelsen var foregangsmand i det grundtvigianske foreningsliv og den samtidige Herning Friskole, der endnu eksisterer. Hammerum Fri og Efterskole (indviet 1948) opstod også i tilknytning til Herning og Gjellerup Valgmenigheder og bygger (ligesom den nyere Studsgård Friskole, indviet år 2000) på det grundtvig-koldske skolesyn. Terkelsen var desuden drivkraft i etableringen af den tidligere meget betydningsfulde Herning Højskoleforening, der fra 1890 drev Herning Højskolehjem i Bredgade. I denne bygning holdt Herning Højskoleforening bl.a. deres ugentlige mandagsmøder for ungdommen i regi af Højskolehjemmets Ungdomsforening (H.U.I.H.), som stadig eksisterer. Bygningen blev nedrevet i 1970.
I Aulum, Vinding og Vind er der ligeledes en grundtvigiansk valgmenighed (tre kredse fra 1922; én menighed fra 1991), der holder gudstjeneste på skift i pastoratets folkekirker.
I 1961 åbnede en ny højskole i industriområdet Birk Centerpark. Idéen var fostret af bl.a. den driftige tekstilfabrikant Aage Damgaard fra Herning, der med inspiration fra Grundtvig ville oplyse en ny tids almue: industriarbejderen. Herning Højskole lukkede i 2007. Højskolen Skærgården syd for Herning, grundlagt i 1972, eksisterer endnu.
I 2004 blev Midtjyllands Valgmenighed dannet i Gullestrup nord for Herning. Det skete i protest mod ansættelsen af en kvindelig præst, da den indremissionske præst Hartvig Wagner gik på pension. Menigheden er nu en del af DanskOase, en karismatiske bevægelse i folkekirken, og skiftede i 2016 navn til Herning Oasekirke. I 2012 skete endnu en menighedsdannelse, da frimenigheden Herning Bykirke blev grundlagt i protest mod den daværende regerings indførelse af homoseksuelle vielser i folkekirken.
Luthersk Missionsforening (LM) på Godthåbsvej i Herning er også en frimenighed og kaldes nu LM-Kirken Herning; fra 1997 tillod LM deres samfund at danne frimenigheder. I 1973 oprettedes Midtjyllands Kristne Friskole af initiativtagere fra LM, bl.a. som reaktion på ændringerne i folkeskolens kristendomsundervisning og indførelsen af obligatorisk seksualundervisning i 1971. Skolen virkede i begyndelsen med udgangspunkt i »Den danske Folkekirkes evangelisk-lutherske tro«, men har dog slettet folkekirken fra denne sætning. Skolen har ca. 500 elever, og der er tilknyttet børnehave og vuggestue. LM driver også et diakonalt værested i Herning.
Den levende kirkelighed på egnen kommer også til udtryk i det arbejde, der udgår fra Hedeagerkirken, hvor Folkekirkelig Kommunikationsgruppe (FKG) udsender kirke-tv på Kanal Midtvest samt søndagsradio og bestyrer egen YouTube-kanal.
Af andre frikirker findes også Citykirken og pinsemenigheden Herning Frikirke. I 2007/08 blev Kristent Center og Herning MenighedsCenter sammenlagt til Åbenkirke, hvis arbejde i dag udgår fra Olufsgade. Denne frikirke er tilknyttet Apostolsk Kirke i Danmark, der ligesom pinsebevægelsen er evangelisk-karismatisk. Det største frikirkesamfund i Herning er imidlertid den katolske kirke på ca. 1.000 medlemmer, der kommer fra et stort sogneområde i Vest- og Midtjylland. Menigheden blev grundlagt i 1962 og virkede indtil 1996 i en villa på Silkeborgvej. Den har i dag egen kirke, Skt. Peters Kirke, præstebolig og menighedslokaler på Lillelundvej. Her er bøn på dansk, tamilsk, polsk og vietnamesisk.
Adventisterne har været aktive i området siden 1925, hvor det lykkedes deres missionær at danne en kreds i Herning. Denne menighed har egen kirke fra 1982, populært kaldet »Frimærkekirken«, eftersom den blev delvis finansieret ved frimærkesalg. Mormonerne, Jesu Kristi Kirke af Sidste Dages Hellige, har kirkebygning på Viborgvej i Herning.
I Kristi himmelfartsdagene i 2019 blev den fælleskirkelige festival Himmelske Dage på Heden afholdt i Herning. Danske Kirkedage, som festivalen også hedder, er blevet afholdt hvert tredje år siden 1968, hvor den blev afholdt i Haslev. Festivalen i Herning blev arrangeret i samarbejde mellem byens kristne kirker, menigheder og kirkelige organisationer af både grundtvigiansk og missionsk orientering.
I Herning ligger et tamilsk hindutempel, Sri Sithi Vinayagar Temple, bygget til ære for guden Ganesh.
I Herning ligger desuden Eyüp Sultan Moské, der er en del af Dansk Tyrkisk Islamisk Stiftelse (Diyanet), som er det største muslimske trossamfund i Danmark i dag.
