I Middelfart Kommune er 85,1 % af indbyggerne medlemmer af folkekirken, hvilket ligger over landsgennemsnittet på 74,3 % (1. jan. 2020). Landsognet Gamborg har den højeste medlemsprocent på 91,5 %, mens bysognet Middelfart med 82,3 % har det næstlaveste. Kommunen omfatter alle 21 sogne i Middelfart Provsti, som ligger i Fyens Stift. Størstedelen er små landsogne med ti sogne under 500 indbyggere. Det har dannet baggrund for mange pastoratsammenlægninger. De to bysogne Middelfart og Nørre Aaby udgør i 2020 eget pastorat, mens de resterende 19 sogne er samlet i otte flersognspastorater. En hospitalspræst, der er knyttet til Middelfart Sogn, betjener Psykiatrisk Afdeling Middelfart. I 2009 oprettedes foredragsforeningen Kirkehøjskolen i Middelfart Provsti som et samarbejde mellem menighedsrådene.
En tidlig religiøs vækkelse opstod i Vejlby og Gamborg Sogne i 1820’erne, bl.a. med lægprædikanten Anders Larsen fra Gamborg, senere folketingsmand for Bondevennernes Selskab. I Vejlby Sogn fik Indre Mission stor tilslutning i 1880’erne, hvilket førte til opførelsen af tre missionshuse, hvoraf Bethlehem i Vejlby fra 1883 er det ældste missionshus på Fyn og samtidig det eneste, der fortsat fungerer i kommunen. Indre Missions historiske tilstedeværelse i området danner endnu baggrund for en del frivillighedsarbejde knyttet til kirkerne i Vejlby-Strib-Røjleskov Sogn og til KFUM’s Sociale Arbejde.
Den grundtvigianske vækkelse udviklede sig først i Asperup og siden i Middelfart. I Asperup var en af de førende grundtvigianske vækkelsespræster på Fyn, Mads Maaløe Melbye, sognepræst fra 1845 til sin død i 1879. I Middelfart satte den grundtvigianske Andreas Peter Martin Leth sit præg som sognepræst i perioden 1870‑95. Han talte stærkt for at fortsætte den kirkelige frihed efter vedtagelsen af Valgmenighedsloven i 1868. Denne frihedslinje blev senere fortsat af Kaj Thaning, der var præst i Asperup 1938‑73 og blev landskendt for sin forskning i og udlægning af N.F.S. Grundtvig. Thaning var initiativtager til Båring Højskole i 1959 og formand for dens bestyrelse. Brenderup Højskole fra 1986 er også præget af Grundtvigs tanker.
Den apostolske kirke i Middelfart, Teglgårdskirken, samarbejder med Blå Kors lokalt om at etablere familienetværk for udsatte familier.
