Norddjurs Kommune ligger i Aarhus Stift og udgøres af Norddjurs Provsti. Provstiet rummer 36 sogne, 15 pastorater, 18 sognepræster og 26 menighedsråd. 85,6 % er medlemmer af folkekirken mod 75,9 % (2017) på landsplan.
De religiøse strømninger i slutningen af 1800-tallet påvirkede også Norddjurs. Medstifter af Indre Mission Vilhelm Beck var præst i Ørum-Djurs i perioden 1866‑74 og satte sit præg på egnen. Indre Mission har efterladt sine karakteristiske bygninger i stort set alle byer. Kun de indremissionske foreninger i Grenaa, Fjellerup og Vivild er aktive i dag. I Fjellerup finder man den ene af kommunens to valgmenigheder. Fjellerup Valgmenighed (stiftet 1991) har missionsk observans, mens Norddjurslands Valgmenighed (stiftet 1948) i Vivild er grundtvigiansk.
Ikke langt fra missionshuset og missionærboligen i Grenaa lå Sct. Clemens Kirke, der blev opført i 1916 af den katolsk-apostolske menighed. Kirken blev i 1966 udlejet til byens katolske menighed, og da der i 1989 ikke var flere tilbage i den katolskapostolske menighed, blev bygningen foræret til den katolske menighed som gave. En del af den katolske menighed bestod fra 1960 til 2013 af cisterciensernonner på Sostrup, men klosteret blev nedlagt, og bygningerne rummer i dag et konference- og retrætecenter. I 2016 blev Sct. Clemens Kirke sat til salg og samme år revet ned. Den katolske menighed benytter i stedet Simon Peters kirkesal til messer.
Øvrige religiøse samfund med egne forsamlingsbygninger er Grenaa Frikirke, der udsprang af pinsebevægelsen, og som siden 1979 har haft gudstjenesterum i byen. Anholt udgør sit eget lille sogn, og på øen findes både kirke og forsamlingshus (opført 1910). I begyndelsen af 1900-tallet blev der oprettet et sømandshjem med afholdsbevilling. I dag er bygningen indrettet til restaurant og hotel.
