I Sønderborg Kommune ligger den folkekirkelige medlemsprocent på 79,9 % og således over landsgennemsnittet på 74,3 % (2020). Sønderborg Provsti er identisk med kommunen og ligger i Haderslev Stift. Der er ansat 33 præster i 26 sogne, fordelt på 21 pastorater. Der er 25 menighedsråd.
Sønderborg Provsti har haft mange geografiske forskydninger. Øen Als hørte tidligt i middelalderen under Odense bispestol. Men i 1819 udskiltes Ærø og Als (på nær Kegnæs og Sønderborg), som herefter blev et selvstændigt bispedømme. Dette bispedømme blev nedlagt i 1864, og i 1879 blev Als med Sønderborg og Sundevedområdet samlet i Sønderborg Provsti under tysk herredømme. Med Genforeningen i 1920 blev dette provsti lagt under biskoppen i Haderslev Stift.
I Sønderborg udskiltes Christians Sogn i 1957 fra det gamle Sankt Marie Sogn. De to sogne har fælles tysksproget folkekirkepræst. I provstiet findes der slotskirker i både Augustenborg og Gråsten, som i dag anvendes til de to sognes gudstjenester. Sognene Gråsten, Adsbøl og Kværs blev ved Strukturreformen i 2007 flyttet fra Aabenraa Provsti til Sønderborg Provsti.
På det nordlige Als med sognene Nordborg, Havnbjerg, Oksbøl og Svenstrup voksede indbyggerantallet efter anlæggelsen af virksomheden Danfoss i 1933 i Nordborg. I Havnbjerg Sogn blev der ansat en ekstra præst, H.C. Lorentzen, i årene 1959‑65 med Danfoss som særligt distrikt. Nordborg og Havnbjerg Sogne delte fra 1972 en ekstra præstestilling til betjening af de mange indbyggere. I 2005 blev denne stilling nedlagt, fordi indbyggertallet var gået tilbage. I stedet blev Nordborg Sogn sammen med det indbyggermæssigt langt mindre Oksbøl Sogn til Nordborg-Oksbøl Pastorat. De to præster i pastoratet bor i hhv. Nordborg og Oksbøl Præstegårde.
Den katolske kirke dannede menighed i Sønderborg i 1924; den indrettede menighedshus i 1936 (siden solgt) og byggede den nuværende Sankt Pauls Kirke i 1997. Sønderborg Frikirke hører til pinsemenighederne (Apostolsk Kirke i Danmark). Det grundtvigske efterskolemiljø er på egnen repræsenteret med Sundeved Efterskole og Nordborg Slots Efterskole. I Gråsten Tyske Frimenighed fører den tyske slesvigske biskop tilsyn.
I Sønderborg er der to muslimske grupper med faste mødesteder. Den ene er den arabiske Sønderborg Moske/ Iqra Kulturforening, etableret i 1993, som fik egen gravplads i 2013, og den anden er den shiamuslimske Irakisk Klub.
