Silkeborg Kommune omfatter 34 sogne, hvoraf 25 udgør Silkeborg Provsti i Aarhus Stift, mens otte hører til Ikast-Brande Provsti i Viborg Stift; Sjørslev Sogn er en del af Viborg Domprovsti. 82,4 % af kommunens indbyggere er medlemmer af folkekirken mod 74,7 % på landsplan (1. jan. 2019). Medlemsprocenten varierer inden for kommunen fra 70 % i Vrads Sogn til 91 % i Kragelund Sogn.
En tidlig grundtvigiansk vækkelse, der spredte sig fra Christiansfeld og Vestfyn, nåede Silkeborgegnen allerede i 1827. Gårdmanden Jeppe Johansen eller Hellig Jeppe fra Sinding Sogn blev influeret af sin brors soldaterkammerat fra Fyn, Peder Larsen, der deltog i broderens bryllup i 1827. Senere flyttede Anders Stubkjær, en anden kendt vækkelsesprædikant, til Thorning Sogn.
I anden halvdel af 1800-tallet splittedes vækkelsen, da Stubkjær fulgte Indre Mission, og Peder Larsen og Jeppe Johansen holdt fast ved N.F.S. Grundtvig. Et eksempel på forskellen er synet på trosbekendelsen, der bl.a. førte til den såkaldte alterbogssag i Them. Her valgte den grundtvigianske pastor Ely Sophus Falkenskjold i 1866 at forandre ordlyden fra den gældende alterbogs »en hellig kristelig kirke« til »den hellige almindelige kirke«. De missionske medlemmer af menigheden forlangte dåb i overensstemmelse med ritualbogen. De blev støttet af provst og biskop, men kultusministeren sørgede for, at nabopræster kunne døbe børnene.
Den grundtvigianske indflydelse blev styrket gennem grundlæggelsen af Silkeborg, hvor digteren Jens Christian Hostrup blev udnævnt som byens første præst i 1855. Allerede i 1862 flyttede Hostrup til Hillerød, men grundtvigianismen blomstrede efterfølgende med de store folkelige møder, Silkeborg Konvent i perioden ca. 1878-ca. 1910, og Silkeborg Højskoleforening (stiftet 1884), der senere byggede Højskolehjemmet (indviet 1899, i dag Galerie Moderne Silkeborg). Blandt grundtvigianismens mange fortalere var »de to gråskæg«, pastor Fr. Bruun, der var præst i Levring-Hørup Pastorat 1878‑1913, og pastor M.A.S. Lund, der virkede i Vium og Sjørslev 1881‑1913. Efter dem kom der flere indremissionske præster, hvilket som modreaktion førte til oprettelsen af den grundtvigianske Silkeborg Valgmenighed i 1912 (eksisterede frem til 1938) og Kjellerup og Omegns Valgmenighed i 1917. I 2001 blev en grundtvig-koldsk friskole i Lemming indviet.
Indre Mission nyder fortsat stor opbakning med mange aktive i KFUM/K og Kirkens Korshær. Der findes i dag ti indremissionske samfund i kommunen. Den missionske friskole Klippen i Voel fra 1977 har ca. 215 elever. Den missionske frimenighed Søhøjlandets Kirke i Gjern er en del af Evangelisk Luthersk Netværk og holdt sin første gudstjeneste i 2008. Det tidligere afholds- og missionshotel Lystruphave ved Kulsø nær Bryrup blev indviet i 1968. Efter et forsøg med alkoholudskænkning fra 1995 blev bygningerne i 2001 solgt til en gruppe fra KFUM og KFUK Danmark, Y’s Men International, der i dag driver stedet som en kristen efterskole for ord- og talblinde under navnet Lystruphave Efterskole.
Silkeborg voksede frem efter indførelsen af religionsfrihed ved Grundloven i 1849, og lægefrue, forfatteren Elfride Fibiger oplevede, at der herskede en »babylonisk Forvirring i religiøs Retning« i nybyggerbyen. I 1895 havde Silkeborg Papirfabrik ansat kvindelige arbejdere fra Bøhmen. De var katolikker, og der blev afholdt katolske messer i en stue på fabrikken. I 1912 blev den katolske Vor Frue Kirke indviet, som i 1980’erne gjorde meget for at integrere den gruppe katolske vietnamesere, der kom til området som bådflygtninge. Den første kirkebygning i byen fra 1874 tilhørte irvingianerne, Den katolsk-apostolske Kirke. Den blev dog revet ned i 1978. Metodistkirken, Vor Frelser Kirke, blev bygget 1923. Endnu i dag rummer Silkeborg en række frikirker: Kirken ved Søerne (Luthersk Mission), Sydbyens Frikirke (baptister), Silkeborg Frikirke (apostolsk), Silkeborg Oasekirke, Borgerkirken samt Silkeborg Adventistkirke. I Silkeborg ligger Jehovas Vidners Stævneplads og Stævnehal (indviet 1979). Den har dog siden 2017 været ejet af Silkeborg Kommune, der lejer den ud til Jehovas Vidner frem til 2019, hvorefter Jehovas Vidner vil kunne leje Silkeborgs nye stadion på Søholt til det danske regionalstævne i juli.
Buddhistisk Center Silkeborg er en del af Karma Kadjy Skolen Danmark. Karma Kadjy Skolen, der blev grundlagt i Danmark i 1970’erne, blev et godkendt trossamfund i 1988. Skolen følger diamantvejsbuddhismen, der har som mål at udbrede buddhismen i Vesten, og dens leder er den danske lama Ole Nydahl.
I Silkeborg ligger moskéen Silkeborg Moske, som er en menighed under Dansk Tyrkisk Islamisk Stiftelse (Diyanet), som er det største muslimske trossamfund i Danmark. Trossamfundet blev anerkendt i 2014. Vrads Sande Meditationscenter har sat tydelige præg på landsbyen Vrads.
