Sorø Kommune har 17 sogne, der alle ligger i Ringsted-Sorø Provsti, Roskilde Stift. I kommunen er 81,1 % af indbyggerne medlemmer af folkekirken, hvilket ligger over landsgennemsnittet på 73,8 % (2021).
I Nyrup findes Midtsjællands Baptistmenighed, stiftet i 1857 og med egen kirke fra 1909. Indre Mission (Kirkelig Forening for Indre Mission i Danmark) blev stiftet i Stenlille Sogn i 1861. Indre Mission kom til at stå stærkt i især Terslev, Niløse og Skellebjerg frem til 1980’erne. Der var 11 missionshuse i den nuværende Sorø Kommune. Det første blev opført i Niløse i 1883, og siden fulgte missionshuse i Stenmagle i 1894, Tersløse i 1895, Skuerup og Munke Bjergby i 1896, Skellebjerg i 1897, Ruds Vedby i 1899, Sorø i år 1900, Bjernede og Stokholtshuse i 1903 og endelig Stenlille i 1913. I 2015 blev det sidste fungerende missionshus solgt i Tersløse.
N.F.S. Grundtvig havde tanker om at genskabe Sorø Akademi som en højskole for folkelig dannelse, men det blev aldrig gennemført. Sorø Gymnastikefterskole, etableret i 1888, er grundtvig-koldsk og har 210 elever.
I Sorø ligger Sorø Frikirke, som er en del af Missionsforbundet. I Stenlille findes Frikirken Stenlille, der er en del af Frikirken Vestsjælland. I samme by ligger også et srilankansktamilsk hindutempel, Vel Murugan Tempel, der i 2013 blev etableret i den tidligere Stenmagle Skole.
