Grundlovens § 3 siger bl.a., at den dømmende magt er hos domstolene. Det indebærer især kompetencen til at idømme straf for lovovertrædelser og afgørelse af juridiske tvister mellem borgerne. Ligeledes har domstolene til opgave at føre kontrol med lovligheden af forvaltningens afgørelser, hvortil kommer prøvelsen af loves grundlovsmæssighed. Grundloven regulerer dog primært de mere overordnede spørgsmål, mens Retsplejeloven regulerer domstolenes organisation og arbejdsgange.
Domstolsreformen, som blev gennemført 2007-09 – nogenlunde samtidigt med en større reform af politiet – synliggjorde domstolenes uafhængighed af forvaltningen og deres placering i styreformen som en selvstændig statsmagt. Tilsvarende var også retsplejereformen i 1919 udtryk for en bestræbelse på at sikre bedre adskillelse mellem den dømmende og den udøvende magt ved at adskille funktionerne som dommer og politimester. Etableringen af Domstolsstyrelsen realiserede således et ønske om at markere domstolsdriftens formelle og reelle uafhængighed af Justitsministeriet. På samme måde var etableringen af Dommerudnævnelsesrådet bestemt af et ønske om at sikre større gennemsigtighed og uafhængighed i dommerudnævnelserne. Heri lå også et politisk ønske om en bredere rekruttering af dommere, som traditionelt ofte havde haft en karriere i Justitsministeriet. Frigørelsen af domstolsforvaltningen fra Justitsministeriet understreges af, at Domstolsstyrelsens bestyrelse udpeger styrelsens direktør.
Domstolssystemet har tre niveauer, Højesteret, som har sæde i København, to landsretter (Østre og Vestre, med sæde i hhv. København og Viborg) og 24 byretter. Deres forhold, herunder antallet af dommere og landets inddeling i retskredse, er fastsat i Retsplejeloven. Den nugældende inddeling i retskredse blev, efter en del diskussion, som sidste led i domstolsreformen lagt fast i forbindelse med Strukturreformen i 2007. Kredsinddelingens politiske følsomhed er understreget af, at det er justitsministeren, ikke Domstolsstyrelsen, der kan ændre afgrænsningen af de enkelte retskredse.
De fleste sager anlægges ved byretterne som 1. instans, og udfaldet kan så appelleres til den relevante landsret som 2. instans. Alvorligere sager anlægges ved en landsret som 1. instans og kan så appelleres til Højesteret. Appel til Højesteret af en sag, der oprindelig er anlagt ved en af byretterne, kræver en særlig tilladelse. Et principielt vigtigt led i den seneste reform var at aflaste Højesteret, således at den øverste retsinstans kan koncentrere sig om sager af principiel karakter.
Ved byretterne medvirker ved vigtige straffesager to lægmænd – såkaldte domsmænd – og i landsretterne tre domsmænd eller ni nævninge. I Højesteret medvirker aldrig lægmænd. Derimod medvirker mindst fem højesteretsdommere ved alle sager, altså flere end ved landsretterne og byretterne.
Sø- og Handelsretten i København behandler sager, der vedrører erhvervslivet, og her medvirker et betydeligt antal sagkyndige lægmænd. Når landsretterne behandler sådanne sager, kan der også medvirke lægmænd. Andre specialdomstole er boligretterne, Arbejdsretten og Den Særlige Klageret.
Rigsretten er en helt særlig domstol. Rigsretten skal pådømme sager anlagt mod ministre for deres embedsførelse. De nærmere regler herom findes i Ministeransvarlighedsloven. Rigsretten består af indtil 15 højesteretsdommere og et tilsvarende antal personer valgt af Folketinget blandt personer, der ikke er medlemmer af Folketinget.
Grundloven forbyder nedsættelse af særdomstole med dømmende myndighed. Bestemmelsen kom først ind i Grundloven i 1953. Formålet er at forhindre nedsættelsen af domstole til at dømme i sager, hvis indhold allerede er kendt, og hvor udpegningen af dommere ville kunne ske ud fra formodninger om, hvordan de vil dømme i den pågældende sag.
Domstolene og dommerstanden spiller traditionelt en rolle i udredningen af sager, hvor man politisk ønsker at afdække, om der kan være grundlag for at gøre et retligt ansvar gældende. Det skete tidligere ofte i form af såkaldte kommissionsdomstole og undersøgelsesretter. Disse retter har aldrig haft dømmende myndighed, men de blev i medierne og i den politiske debat ofte beskrevet som domstole. Samtidig skabte udpegningen af højesteretsdommere som formænd for disse undersøgelsesinstanser risiko for, at Højesteret blev involveret i stridsspørgsmål med klare politiske aspekter. Med Lov om Undersøgelseskommissioner af 1999 er rammerne for sådanne undersøgelser nu fastlagt ved lov. Politisk nedsatte undersøgelseskommissioner, normalt under ledelse af en landsdommer og oftest med deltagelse af en juridisk professor og en advokat, er nu ansvarlige for gennemførelsen af disse ofte omfattende udredninger. Højesteretsdommere kan ikke være medlemmer af en undersøgelseskommission. En ændring af loven i 2021 giver nu Folketinget mulighed for at nedsætte granskningskommissioner, der arbejder inden for samme ramme som undersøgelseskommissioner. Det skete fx i sagen om aflivning af mink, hvor kommissionen indledte sit arbejde i april 2021.
Dommere spiller også en stor rolle i de mange nævn, som har en kvasijudiciel funktion og afgør klager over myndighedernes beslutninger. Ofte kræver loven, at en råds- eller nævnsformand er dommer. Det gælder fx Flygtningenævnet og Miljø- og Fødevareklagenævnet. Det gælder også formandskabet for de private klagenævn, der tager stilling til klager over køb af varer og serviceydelser, fx Pakkerejse- Ankenævnet og Ankenævnet for Forsikring. Disse ankenævn aflaster i høj grad domstolene.
