Kirkens beliggenhed er formentlig årsag til, at byen i ca. 1050 flyttede over til åens sydside. Omkring kirken og hovedfærdselsåren, Sønderportsgade, udlagdes et gadenet, som afgrænsede nogenlunde regulære firsidede karréer. De ældste veje var jordveje, hvor vognenes hjulspor har slidt sig ned i undergrunden. I anden halvdel af 1000-tallet blev den første belægning på alle byens gader udlagt i form af et lag dyreknogler og småsten på det mere end 3 km lange gadenet, som udgjorde et samlet gadeareal på mere end 10.000 m2. Til disse knogleveje er der anvendt mange tons dyreknogler, og baggrunden for valget kan være, at hedesletterne omkring byen består af rent sand og ikke kunne levere brugbare sten. Tidligt i 1100-tallet begyndte man i stedet at udlægge de såkaldte fletværksmåtter, som i 1120’erne blev erstattet af egentlige plankeveje bestående af tværgående egeplanker naglet fast til langsgående strøer. Gadernes ensartede udseende og udvikling viser, at en byherre, som i 1000- og 1100-tallet må have været kongen eller Ribebispen, regulerede byen. Fem nye sognekirker blev grundlagt: Sankt Klemens og Sankt Hans på sydsiden af åen, mens Sankt Peder, Sankt Nikolai og Hellig Gravs Kirke blev placeret nord for åen. Benediktinernonnerne fra Seem Kloster flyttede i ca. 1170 ind til byen og slog sig ned ved Sankt Nikolai Kirke.
Tidligt i 1100-tallet, mens biskop Thure beklædte embedet, blev den første domkirke af sten opført. Bispegården lå i den ældste tid antagelig vest for domkirken før flytningen til Bispegade ca. år 1300. Det vides derimod ikke, hvor kongens gård, det ældste Riberhus, lå. Én mulighed er, at den voldgrav på 60 x 100 m fra 1100-tallet, som i 1993 blev fundet forud for byggeriet af Museet Ribes Vikinger, er rester af en kongelig borg. En anden mulighed er, at resterne kan skjule sig under dominikanermunkenes kloster. Frem til 1200-tallet var byens vækst fortsat båret af international handel, og i de tykke kulturlag fra 1000-, 1100- og 1200-tallet optræder store mængder af importerede varer, primært kvalitetskeramik fra Rhinegnene og Nederlandene, som er med til at vise, at byen fungerede som den ubetinget vigtigste eksporthavn for danske landbrugsprodukter: uld, læder, fødevarer m.m., som blev afsat til de umættelige markeder i Nordvesteuropas voksende byer. At dømme efter Kong Valdemars Jordebog fra 1231 var Lund og Roskilde på denne tid de eneste øvrige danske byer med større økonomisk potentiale. Navnlig heste var en stor handelsvare for Ribe; på højdepunktet i 1200-tallet kunne der fortoldes 8.000 heste om året i byen. Importen bestod bl.a. i flamsk og engelsk klæde samt vin og tufsten (til kirkebygninger) fra Rhinegnene. Ribes handel blev støttet af de danske konger med usædvanlig vidtgående købstadsprivilegier, bl.a. en tilladelse givet mellem 1202 og 1214 til at handle overalt i riget uden at betale torveafgifter eller told. Flere skattefund fra byområdet understøtter, at der har været tale om en rig international udveksling. I 1911 blev i Tangekvarteret fundet en nedgravet lerkrukke, som indeholdt mere end 2½ kg sølv i form af to fornemme skeer, flere sølvbarrer samt 1.257 udenlandske mønter, primært engelske sterlinge, der daterer nedlæggelsen til ca. 1247. I 1958 blev der i samme område, men lidt nordligere, fundet 177 udenlandske sølvmønter liggende løst i jorden, også primært engelske sterlinge, som ligeledes synes nedlagt ca. 1247. I 1869 fandtes 78 danske mønter på grunden Liljebjerget i Skolegade nedlagt kort før år 1300. I 1200‑1400-tallet dannede Ribe også ramme om en del vigtige politiske møder og kongelige ceremonier, bl.a. kroningen af kong Christoffer af Bayern i 1443.
Byens huse lå tæt langs hovedfærdselsårerne, hvor mulighederne for handel var bedst. I tidlig middelalder var de fleste huse af egetræ, og bevaret genanvendt bygningstømmer af svære dimensioner samt enkelte undersøgte hustomter peger på, at det var velvoksne byhuse, hvoraf nogle måske var i flere etager. Store udgravninger i middelalderbyens vestlige del i 1990’erne har vist, at grundstykkerne på dette sted var store og bebygget med spredtliggende større huse, antagelig købmandsgårde, i 1100‑1200-tallet.
Formentlig allerede i tidlig middelalder blev der stiftet et helligåndshus i byens vestlige udkant, der fungerede som hospital. I samme tidsrum blev der også oprettet en Sankt Jørgensgård ved Hellig Gravs Kirke på Ribe Ås nordside, der specifikt fungerede som spedalskhedshospital. Omkring år 1200 blev Ribe omsluttet af en enorm bybefæstning. Domkirken og den omkringliggende del af byen blev helt omgivet af strømmende vand efter gravning af Stampemøllestrømmen, mens bydelen nord for åen blev beskyttet bag en tør grav, på hvis inderside der også lå en græstørvsopbygget vold. Tilsammen omgiver befæstningen et areal på 90 ha, hvoraf betydelige dele dog udgøres af åen og de tilhørende vådområder. De hastigt fremvoksende tiggermunkeordener, dominikanerbrødrene og franciskanerbrødrene, nåede Ribe i hhv. 1228 og 1232.
Byens købmænd og rige præsteskab opførte også huse af teglsten. Allerede fra ca. år 1200 kendes små kvadratiske eller rektangulære teglstenshuse, fx omkring domkirken, som var placeret på fundamenter af sand. De tykke mure antyder en vis højde, og formentlig har de hævet sig som tårne over den omgivende bygningsmasse. Tagfladerne var belagt med flade tagpander, som oftest var glaserede. Denne byggeskik synes at have været meget almindelig i den centrale del af byen, men de dårlige funderingsforhold betød, at bygningerne ikke har overlevet til vore dage. Riberhus i byens nordvestlige udkant menes opført i 1268, dvs. i kong Erik Klippings regeringstid, og fungerede sammen med Koldinghus som grænsefæstning mod hertugdømmet Slesvig og lensmandsbolig. Voldstedets nuværende form skyldes primært Christian 3.s ombygning i 1530’erne. Det såkaldte Skriverstuetårn er dog ældre og kan have været en del af borgen fra 1268. I 1660’erne blev det på daværende tidspunkt stærkt medtagne bygningskompleks endeligt nedbrudt.
I anden halvdel af 1200-tallet blev byens topografi markant forandret. Der anlagdes en fast forbindelse i form af en dæmning over åen i ca. 1255, og ved byens hovedindfaldsveje opførtes tre grundmurede byporte, Nørre-, Sønder- og Mikkelsport. Anlæggelsen af den såkaldte Nye Grav og Ydermøllestrømmen kan også stamme fra denne tid, og resultatet var, at byområdet blev markant mindre end tidligere, men til gengæld tydeligere afgrænset. I samme tidsrum fik alle byens gader pikstensbelægninger, og bag alle disse forandringer stod sandsynligvis kongemagten i form af Erik Klipping, som i 1269 også gav byen sin nye stadsret, Riberret.
Byens to første rådhuse lå i Grønnegade. Det ældste lå på gadens sydvestlige hjørne mod Torvet med domkirken. Det afløstes i 1448 af et stort dobbelthus i tre etager, der menes at være opført af en gruppe købmænd fra Groningen allerede i 1200-tallet, som også kom til at give gaden sit navn. Huset blev nedrevet i forbindelse med overflytningen til rådhuset på hjørnet af Sønderportsgade og Von Støckens Plads i 1709. Dette rådhus, der i dag kendes som det gamle rådhus, stammer fra slutningen af 1400-tallet, og var inden byrådets overtagelse et fornemt udlejningshus med to boliger, hvis pyntelige udseende skyldes en ombygning i ca. 1528.
Mens en økonomisk stagnation fulgte i kølvandet på den sorte død ca. 1350, oplevede Ribe en stærk fremgang efter ca. 1450. Befolkningsvæksten i mange tyske og nederlandske byer satte gang i en stor efterspørgsel efter dansk oksekød, og Ribe fik en nøglerolle i Danmarks eksport af levende kvæg. Okserne fra store dele af Jylland blev drevet gennem byen for at vandre videre mod syd eller blive ført bort med skibe, der lå for anker i Vadehavet.
