Størst inden for industrien er Søby Værft A/S, der blev grundlagt i 1931. Værftet er både et nybygnings‑ og et reparationsværft, men beskæftiger sig også med stålkonstruktioner til offshoreindustrien. Her er blevet bygget orlogsfartøjer til Søværnet, coastere, fisketrawlere og færger.
I 2019 leverede værftet elfærgen Ellen, som blev færdigbygget i Søby, efter at skroget var bygget i Polen. Ellen betjener færgefarten fra Søby til Fynshav på Als. Søby Værft råder over tre tørdokker og beskæftiger ca. 70 medarbejdere, men da bl.a. elarbejdet og snedkertømrerarbejdet er udliciteret til to lokale underleverandører – Søby Skibselektro A/S og Nautic Wood ApS – udgør den samlede beskæftigelse op mod 100 personer.
