Det anslås, at Danmark har omtrent 175.000 søer ned til 100 m2. Medregnes kun søer over 1 ha (10.000 m2), er der omkring 4.500, og kun 88 søer er større end 100 ha. Søerne findes overalt i Danmark, men de større søer er koncentrerede i Nordsjælland samt Midt-og Nordvestjylland. De fleste større søer blev dannet af isens bevægelser under den seneste istid, mens mange af de mindre søer kan være skabt via menneskelige aktiviteter, fx ved ler- og mergelgravning. Hovedparten er lavvandede, og halvdelen af danske søer større end 5 ha har en middeldybde under 1,3 m og en maksimumsdybde under 2,2 m. Den dybeste naturlige sø er Furesø med 38 m, og den største er Arresø på 41 km2. Søer udgør i alt 1,6 % af landets samlede areal, og alle søer på mere end 100 m2 er sammen med deres bredder beskyttet af Naturbeskyttelsesloven.
Søer er fra naturens side forskellige. Det skyldes jordbundsforskelle, der påvirker vandets indhold af kalk og dets surhedsgrad, forskellig tilførsel af organisk materiale, som kan gøre vandet brunt, forskellig vanddybde, som har betydning for, om vandets temperatur lagdeles om sommeren, samt kystnære søers kontakt til marine områder, som fører til forskellige grader af saltholdighed, der påvirker mange organismer.
Gennem de seneste århundreder er det især menneskets forskellige aktiviteter, der har påvirket søerne. De har gennem historien tjent mange formål, og i takt med at der er kommet flere mennesker, og brugen af landskabet er blevet industrialiseret, er påvirkningen taget til. Så langt tilbage, som man kender til, blev søerne brugt af både husdyr og mennesker. I store dele af landet blev overfladevandet anvendt til madlavning og rengøring, og kreaturerne blev vandet ved den nærmeste sø eller i det lokale gadekær.
Søerne gav tillige gode fiskepladser, de fleste steder i form af forholdsvis ureguleret fangst af aborrer, gedder, suder osv., men hvor en enkelt lodsejer havde ret til større søer, blev fiskefangsten undertiden sat i system.
Landskabets vandløb forbinder søerne med hinanden og med havet, og de er derfor del af det sammenhængende vandmiljø. Mange af dem får derved tilført store mængder fosfor og kvælstof fra hus- og industrispildevand samt via tab fra landbrugsområder. Ekstra næringsstoftilførsel påvirker vandkvalitet og levevilkår negativt og giver planteplanktonet gode vækstvilkår, så vandet bliver uklart. Forbedret spildevandsrensning har dog reduceret tilførslen af næringsstoffer betydeligt de sidste årtier, og vandkvaliteten er forbedret i mange søer. I flertallet er tilførslen dog stadigvæk så høj, at deres økologiske tilstand afviger væsentligt fra en upåvirket tilstand. Nogle søer har desuden behov for en egentlig restaurering for at forbedre tilstanden. Dette kan fx ske via en opfiskning af fredfiskene, så dafnierne lettere kan begrænse mængden af planteplankton, eller via opgravning eller fiksering af det fosfor, som har ophobet sig på bunden af søen, og som giver anledning til en intern belastning.
