Sønderskov udgør den midterste del af det 1.140 ha store skovområde fra Søskov og Bulbro Skov i nord til Broby Vesterskov ved Suså i syd. Skoven ejes af Stiftelsen Sorø Akademi. Det er langt overvejende en løvskov med bøg som det dominerende træ. Dertil kommer noget eg og ahorn. I lavninger, fx ved Flommen, findes en del rødel. Nåletræerne udgøres hovedsagelig af rødgran. I skoven findes også fine skovenge og moser: Flommen, Elseengen og Bimose.
Skoven står på muldbund og har en typisk muldbundsflora med enblomstret flitteraks, hvid anemone, skovmærke, skovsyre, skovstar og bingelurt. Den fuglerigeste del af skoven er Broby Vesterskov, hvor der er iagttaget mange forskellige arter, heriblandt flere rovfugle. Blandt insekterne er skoven hjemsted for eremit, en bille, som lever i gamle, delvis hule træer med solbeskinnede stammer i den nordligste del af skoven omkring Flommen.
Den bynære del af skoven omkring Filosofgangen i Sorø har siden 1960’erne været drevet med foryngelse i små grupper resulterende i en varieret skov. Ved Møllediget, en kanal langs Filosofgangen, står mange gamle ege, og særligt de mange gamle træer i området spiller en afgørende rolle for variationen i svampe. Der er fundet flere rødlistede arter som glat ildporesvamp, egespejlporesvamp, dråbehat, kulsort kuldyne og vedtragthat. Ved Filosofgangen ligger et arboret med forskellige træarter, der er plantet for at teste deres egenskaber som skovtræer under de danske klimaforhold.
