Københavns tredje og yngste kloster blev stiftet i 1497 af kong Hans og dronning Christine, nok primært på dronningens initiativ. Det var et nonnekloster af clarisserordenen, der udgjorde den kvindelige gren af franciskanerordenen. Klosteret blev opført på en grund i byens østlige udkant, som tidligere havde tilhørt Københavns Slot og været anvendt som urtehave. Fra Købmagergade førte strædet Klareboderne hen til klosteret, hvis store grund på omkring 2 ha var afgrænset af en høj teglstensmur for at sikre nonnerne ro og skærme dem mod den ydre verden. Af denne mur er der fundet rester i Sværtegade, Store Regnegade og Pilestræde. Klosteret bestod af et firfløjet anlæg, hvor kirken lå mod nord. Det var en enskibet, høj bygning med store, spidsbuede vinduer og formentlig tresidet korafslutning, hvis udseende kendes fra et stik dateret 1611. Udgravninger i 1906 afdækkede dele af østfløjen. Stiftelsesbrevet fra 1497 tillod opførelse af både dormitorium og refektorium, dvs. sove- og spisesal, og da disse funktioner typisk placeres i nonneklostres vest- og tværfløje, må anlægget ved Reformationen formodes at have udgjort et firfløjet og ganske nybygget anlæg.
I modsætning til det langt ældre clarisserkloster i Roskilde tilhørte det københavnske Sankt Clara Kloster ordenens reformerte linje, der ikke måtte eje indtægtsgivende jordegods. I stedet skulle nonnerne, ligesom franciskanerbrødrene i Gråbrødreklosteret, ernære sig ved tiggeri og gaver, hvilket viste sig svært at gennemføre i praksis. Så snart søstrenes store mæcen, dronning Christine, var død i 1521, kom klosteret i økonomiske vanskeligheder og meldtes i stor armod i 1527. De københavnske clarisser udholdt dog både protestantiske angreb og fortsat fattigdom i yderligere en del år, og søstre omtales endnu på stedet i 1535. Deres kloster og kirke blev efter Reformationen indrettet som møntergård og klokkestøberi, inden hele anlægget blev revet ned i begyndelsen af 1600-tallet. Gadenavnet Klareboderne er nu eneste vidne om klosterets eksistens.
