Viborg fik i sidste fjerdedel af 1200-tallet sit femte og sidste kloster, Sankt Hans Kloster, der var indviet til Johannes Døberen. Det synes i første omgang etableret som et såkaldt kommende, dvs. et ordenshus, og blev først omdannet til kloster i 1285, da det økonomiske grundlag var sikret gennem forskellige donationer, heriblandt præbendet fra de to sognekirker viet til Sankt Hans og Sankt Ib. Klosteret, der lå i byens nordøstligste hjørne, var beboet af munke fra johanniterordenen som et datterkloster af ordenens store nordiske hovedkloster i Antvorskov. Klosterets mest berømte beboer er uden tvivl reformatoren Hans Tausen, der begyndte sin karriere som johannitermunk og i 1525 blev sendt fra Antvorskov Kloster til Viborg, i håbet om at man her kunne få sat skik på ham. Det lykkedes dog ikke, og i stedet udvirkede Hans Tausen, at Viborg blev et af de første centre for Luthers reformationstanker i Danmark. Da præster fra byens to tiggerbrødreklostre tog til genmæle imod lutheranerne, bevirkede det, at såvel sortebrødrene som gråbrødrene blev fordrevet fra Viborg 1529‑30. Tausens gamle medbrødre i Sankt Hans Kloster formåede derimod at holde stand, indtil Reformationen som helhed blev indført i Danmark i 1536, hvorefter også det måtte lukkes. Kongen overtog johanniterklosteret, men lod det først bortforlene og efterfølgende nedrive i 1578.
Alle rester af klosterbygningerne er i dag borte. Til forskellige tider er ruiner af det omfattende anlæg, som både bestod af grundmurede teglstensbygninger og bindingsværkshuse, dukket op ved byggearbejder og mindre udgravninger. Iagttagelser fra 1800-tallet antyder, at kirken var opdelt i otte hvælvfag og mere end 50 m lang. Syd for kirken lå klosterbygningerne, som synes at have dannet et firfløjet anlæg sammenbygget med kirken. Nord og øst for denne er der fundet begravelser, og nord for kirkegården fandtes i 1934 rester af en bygning, der tolkes som hospitalet.
