Den næringsrige, lavvandede Selsø Sø ligger øst for Skibby og er med en vandflade på ca. 110 ha Frederikssund Kommunes største sø. Efter en lang periode med gentagne, delvise tørlægninger og forsøg på opdyrkning blev den nordlige, tørlagte del af Selsø Sø genskabt, og den utætte sluse repareret 1995‑97.
Søen ligger omgivet af græssede enge, rørsump, pilekrat og sumpskov. Kalkrige væld betyder, at engene visse steder får karakter af rigkær med bl.a. sumphullæbe, majgøgeurt og kødfarvet gøgeurt, leverurt og engblomme. Ellers er Selsø Sø især kendt som en af Sjællands vigtigste vandfuglesøer. Ynglefuglene tæller arter som toppet lappedykker, grågås, knarand, gråand, skeand, atlingand, taffeland, troldand, vandrikse og rørhøg, mens vadefugle som klyde, stor præstekrave, dobbeltbekkasin og vibe yngler på engene. Desuden har søen kolonier af hættemåge, fjordterne og skarv. Grågæs holder til ved søen året rundt, og siden 2012 har de om foråret fået selskab af et stigende antal bramgæs og blisgæs på træk. I sensommeren og først på efteråret raster et stort antal vadefugle i området, og fiskeørn opholder sig jævnligt ved søen. Havørn ses om vinteren, hvor store flokke af troldand, taffeland, hvinand og stor skallesluger raster på søen.
Selsø Sø og dens omgivelser er fredet ad flere omgange. Den seneste fredning er fra 1996 og dækker 768 ha. Derudover indgår Selsø Sø i habitatområdet Roskilde Fjord og fuglebeskyttelsesområdet Roskilde Fjord, Kattinge Vig og Kattinge Sø.
