Den ca. 50 km lange Skals Å udspringer nær Fussing Sø i Randers Kommune og løber herfra i en bue mod nordvest. Fra Sønder Onsild Stationsby til syd for Klejtrup følger åen grænsen mellem Viborg og Mariagerfjord Kommuner. Herfra løber den sydvestpå ind i Viborg Kommune, hvor den fortsætter mod vest til udløbet ved Klintedyb i Hjarbæk Fjord. Oplandet er på 617 km2 og omfatter flere store søer, heriblandt Fussing Sø, Tjele Langsø, Hærup Sø, Klejtrup Sø og Glenstrup Sø. På strækningen gennem Viborg Kommune er selve åløbet 6‑10 m bredt og har et varieret strømforløb med sving og dybe huller. Det store opland med søer og landbrug betyder, at vandet ofte er ret uklart. I stenalderen betød den højere havvandstand, at Skals Å var en lang fjordarm, men den blev tørlagt i takt med den stadige landhævning.
Den brede ådal er frugtbar og blev tidligere udnyttet til engdrift, græsning og tørvegravning. I begyndelsen af 1900-tallet og igen i 1940’erne blev strækninger af åen reguleret for at give mere dyrkbar landbrugsjord. I dag er størstedelen af de udstrakte engarealer ikke længere i drift, og selv om de er under tilgroning med især pil, har ådalen bevaret et meget åbent præg. Ved dæmningen nær udløbet ved Klintedyb ligger en gammel pumpestation, som blev nedlagt i forbindelse med et 245 ha stort statsligt naturgenopretningsprojekt. Ved den lejlighed blev Skals Å over en lang strækning lagt tilbage til sit gamle forløb, og området fremstår i dag som et meget fuglerigt vådområde.
Åens undervandsvegetation omfatter bl.a. flere arter af vandaks, herunder den sjældne krydsning mellem svømmende og glinsende vandaks. Brudelys og pilblad forekommer både som undervandsplanter og som kantvegetation, hvor de vokser sammen med bl.a. kalmus. Af hensyn til landbrugets afvandingsbehov skærer kommunen normalt grøde to gange årligt.
Blandt lystfiskere er Skals Å især kendt for sin store havørredbestand. Åen huser dog også bæklampret, bækørred, helt, aborre, brasen, skalle, grundling, gedde og ål samt tre- og nipigget hundestejle. Desuden er åen levested for en række insekter. Blandt de mest iøjnefaldende er guldsmedene, der både tæller den sjældne grøn kølleguldsmed og blåbåndet pragtvandnymfe. Odderen har en stor og tæt bestand langs åen, og nær udløbet ved Klintedyb yngler bl.a. rørdrum, vandrikse, skægmejse og sydlig blåhals. Både engsnarre og plettet rørvagtel er hørt flere gange, ligesom isfugl og sangsvane er hyppige gæster.
Skals Å er velegnet til kano- og kajakroning.
På størstedelen af sit løb er Skals Å privatejet og ikke fredet. Til gengæld indgår åen i habitatområdet Lovns Bredning, Hjarbæk Fjord og Skals, Simested og Nørre Ådal samt Skravad Bæk, og fra Skals Bro til udløbet er den en del af fuglebeskyttelsesområdet Hjarbæk Fjord og Simested Å.
