Jammerbugt Kommune har to typer kyster: den forholdsvis beskyttede kyst ud mod Limfjorden og den eksponerede kyst ud mod Jammerbugten. Kysten mellem Bulbjerg og Svinkløv er et stort marint forland, som er opbygget af strandvolde og søer. Flere af søerne er opstået i forbindelse med råstofindvinding. På strækningen mellem Bulbjerg og Svinkløv ligger Torup Strand, hvor der stadig fiskes fra kysten, og hvor sommerhusområdet er vokset kraftigt siden slutningen af 1990'erne. Øst for Torup Strand ligger Grønnestrand, der mange steder er bred, og som består af sand og ral. Efter kraftig vind kan stranden være nærmest brolagt af håndstore sten. Den bagvedliggende sandslette er domineret af store parabelklitter. Svinkløv danner et fremspring på kysten, som herfra drejer mod nordøst. Det marine forland er domineret af sandslette med parabelklitter, og fra Blokhus til Løkken er der store sommerhusområder i klitterne. Stranden fra Svinkløv mod nordøst er bred og ofte så fast, at der kan køres i bil fra Ejstrup Strand til Løkken. De mange åudløb kan dog visse steder gøre det vanskeligt at passere stranden. Flere steder ses vindkuler og vindrender i klitten. Der er ikke kun tegn på erosion langs klitten; den brede sandstrand medfører, at der om sommeren også kan dannes større tueklitter ved havklittens fod.
Den stadig omskiftelige sandbund ud for Jammerbugtens kyst betyder, at dyre- og plantelivet på det lave vand er ret fattigt. Hvor der ligger større sten, kan man dog finde savtang, klørtang og blæretang samt dyr som rurer, søstjerner, strandkrabber og strandsnegle. I opskyllet kan man desuden finde skaller af bl.a. hjertemusling, knivmusling og blåmusling, ligesom bl.a. blå brandmænd, lungegopler og kompasgopler især om efteråret kan drive i land i stort antal.
Limfjordskysten er betydelig fredeligere og strækker sig fra De Østlige Vejler til Gjøl. De Østlige Vejler afgrænses af Bygholmdæmningen, og øst for dæmningen ligger et større marint forland, som mod sydøst strækker sig til Aggersborg. Fra dette område har der tidligere sandsynligvis været gennemsejling til Jammerbugten lige vest for Svinkløv.
Gøttrup Holme og Fjordholme består yderst af en tilgroningskyst med tydelige spor af strandvolde. Området bliver ofte oversvømmet, hvilket ses af de små loer på strandengene. Det er dog ikke tidevandet, der opbygger strandengen, men den varierende vandstand i Limfjorden, som opstår, ved at vand strømmer ind gennem Thyborøn Kanal, når det blæser fra vest. Vandet bliver presset mod de vestvendte kyster, og da Aggersund virker som en flaskehals, stiger vandstanden. Bag strandengen findes inddæmmet marint forland.
Fra Aggersundbroen til Torslev Kær går engene helt ned til kysten, og tilgroningskysten afbrydes kun af to små lystbådehavne: Haverslev og Attrup. De tætgravede grøfter fører så lidt sediment med sig, at der kun i få tilfælde dannes en lille aflejringskegle ude i fjorden. Øst for Attrup bliver fjorden bredere, og her ligger øerne Middelgrund og Troldholme, som når en højde på ca. 1 m over middelvandstanden.
Syd for Brovst ligger de to tidligere Limfjordsøer Øland og Gjøl. Langs Ølands sydkyst er der dannet en krumodde, som viser, at den langsgående sedimenttransport går mod øst. Kysterne omkring Gjøl er domineret af marint forland opbygget af krumodder. Som følge af gentagne oversvømmelser og besværligheden ved at bo på en ø blev området Øland og Gjøl forsøgt inddæmmet i slutningen af 1700-tallet, men anlægget blev opgivet. Først i 1919 blev der indviet en 3 km lang dæmning mellem Øland og Gjøl, og dernæst blev Øland i 1921 landfast mod vest med den 6 km lange dæmning over Torslev Dyb til Attrup. I 1954 finansierede staten kraftfulde pumpestationer, så de inddæmmede arealer kunne kultiveres. Arealerne skulle udstykkes til husmandsbrug, men manglende interesse betød, at jorden måtte sælges til større gårde, hvilket førte til oprettelsen af gården Øland-Attrup.
Tilledning af næringsstoffer fra oplandet har over de sidste ca. 60 år gradvis forringet miljøet i Limfjorden. Udbredelsen af ålegræs er således blevet mindre og mindre, og mens bestandene af sild, brisling og makrel tilsyneladende ikke har ændret sig, er fisk som rødspætte, skrubbe, ålekvabbe, alm. ulk og ål gået drastisk tilbage. Det gælder også bundfaunaen. Den domineres i dag af dyr, der som blåmuslingen lever af at filtrere vandet for planteplankton, mens arter, der kræver gode iltforhold i sedimentet, er gået stærkt tilbage.
På trods af den faldende miljøtilstand er især de lavvandede områder i Gjøl og Nibe Bredninger stadig vigtige raste- og fourageringspladser for en række forskellige andefugle. Samtidig er strandengene ud til fjorden vigtige yngleområder for mange vadefugle.
