Lejre Kommune har et skovareal på 4.058 ha, svarende til ca. 17 % af kommunens areal. Hovedparten af skovene er privatejede og tilhører de store godser, og de står typisk på god og muldrig jord.
I Bognæs Storskov vokser store ege, bøge, ask og rødel. På Egehoved findes desuden flere 300 til 500 år gamle ege. Skovbunden dækkes af frodig muldbundsflora med bl.a. hvid, blå og gul anemone samt bingelurt, hulkravet kodriver og hulrodet lærkespore. Om foråret lugter skoven af ramsløg. Her findes både en hejre- og en skarvkoloni, og måske af samme grund har havørnen ynglet her siden 2007. I skoven lever mange rådyr, dådyr og mufloner, og i vandhuller findes stor vandsalamander.
Ved Munkholmbroen ligger Strandskov og Garveriskov med skovbryn på de stejle skrænter ned mod Isefjord. Her vokser den kalkelskende blå anemone og orkidéen rederod.
