Skanderborg er en skovrig kommune med et samlet skovareal på 9.866 ha, svarende til mere end en femtedel af kommunens areal. Heraf ejer staten og kommunen hhv. ca. 600 ha og ca. 550 ha, mens resten af skovarealet er privatejet.
I vest findes større sammenhængende skovområder som Rye Sønderskov, Rye Nørreskov og Hemstok Skov. Her vokser skovene i et meget kuperet terræn på en jordbund, som overvejende består af smeltevandssand og -grus. Skovene er især nåletræsplantager, som er etableret på tidligere hedearealer. Hist og her findes dog også løvskove med især bøg, ligesom man kan se en del egetræer i området omkring Gammel Rye og Himmelbjerget. Skovenes lysninger er vigtige levesteder for varmekrævende smådyr som brun pletvinge og nordlig fugleedderkop.
De forholdsvis små skove i nordøst er hovedsagelig løvskove, som vokser på en mere leret jordbund. Bøg er den dominerende træart, men skovene har også indslag af eg, ask, elm og rødel. På de sumpede arealer langs ådalene og ved de store søer er der store ellesumpe, mens birkesumpe bl.a. kan ses på de tilgroede mosearealer.
