I sin fødeby Slangerup opførte kong Erik Ejegod, der var konge fra 1095, en fornem, treskibet frådstensbasilika, hvis størrelse i datiden kun var overgået af de største domkirker. Kirken havde apsider på kor og sideskibe i øst samt et stort tårnanlæg i vest. Kirken var indviet til Sankt Nikolaj, og Erik Ejegod sendte relikvier hjem undervejs på en pilgrimsfærd, han foretog mod Jerusalem, før han døde på Cypern i 1103.
I kong Valdemar den Stores tid, ca. 1170, knyttedes til kirken et nonnekloster af cistercienserordenen, hvis kirker efter sædvane altid var viet til Vor Frue, hvorfor klosteret havde en dobbelt indvielse til både Sankt Nikolaj og Jomfru Maria.
Klosterets bygninger lå syd for kirken, og adskillige mindre gravearbejder har gennem tiden afdækket så mange murforløb, at det kan antages, at klosteret i senmiddelalderen må have udgjort et sluttet, firfløjet anlæg, som dog har haft mange forudgående byggefaser.
Også kirken blev flere gange ombygget; bl.a. blev det oprindelige korparti erstattet af et gotisk i tegl. Huggepladsen, hvor frådstenskvadrene blev tildannet, er fundet syd for kirken, foruden flere teglovne, som formentlig er anvendt i forbindelse med de senere om- og tilbygninger. Undersøgelser har tillige afdækket grave under gulvet i kirken samt begravelser fra kirkegården under Svaldergade mellem Kirketorvet og Hestetorvet.
Nonnerne blev sidste gang omtalt i 1555, hvorefter klosteranlægget gradvist blev nedrevet. I dag er alle spor borte, og tomten dækket af bebyggelse.
