Langs kysten af Køge Bugt består de prækvartære aflejringer, dvs. aflejringer fra før istiderne, af hvidt skrivekridt fra Kridttid, hvis overflade ligger i ned til 25 m’s dybde. Mod vest ligger der kalksten fra Danien i 5‑10 m’s dybde. Kalkstenen kan ses i Karlstrup Kalkgrav, og tidligere var også skrivekridtet synligt i kalkgraven, men det er i dag dækket af vand. Kalklagene hælder mod vest, hvor der ligger lag af grønsandskalk fra Sen Paleocæn i 15 m’s dybde over kalkstenen.
Istidsaflejringerne består af 15‑25 m tykke lag af moræneler fra sidste istid, Weichsel, der dækker det meste af kommunen. Havaflejringer fra efter istiden findes langs kysten, mens ferskvandsaflejringer ligger langs åer og i moser som Hyllemose og Karlstrup Mose. Grundvand pumpes op fra skrivekridt, Danien kalksten, grønsandskalk og smeltevandssand og -grus.