Store Mølle var en af Køges i alt otte samtidige møller. Oprindelig lå på stedet to stubmøller, men efter en brand blev en hollandsk vindmølle opført i 1858. Soklen er af kampesten; den hvidkalkede, toetagers underbygning har gennemkørsel, og møllekroppen er i tre etager med en løgformet hat og galleri.
Møllen fik sit navn efter år 1900, da den tidligere stormølle (byens hidtil største) lukkede. Indtil da blev den kaldt Andersens Hollandske Mølle. Vingerne blev fjernet i 1928, da møllen blev elektrificeret. I 1950’erne blev der bl.a. produceret gule ærter og kakaomel til eksport. Mølledriften ophørte i 1960, og produktionen flyttede til Sædder. Møllen er siden blevet indrettet til privatbolig.