Store Magleby ligger 10 km sydøst for København mellem Københavns Lufthavn og Dragør. Kirken er anlagt ved Amagers højeste naturlige punkt 9 m.o.h., og det omgivende byområde og dets jorder ligger på frugtbart moræneler.
Den gamle landsby, kaldet Hollænderbyen, fremstår velbevaret og uden moderne erhvervsområder eller boligkvarterer. Den forhenværende Store Magleby Kommune placerede i stedet efterkrigstidens store parcelhusudstykninger langs grænsen til den daværende Dragør Kommune. Siden er landsbyen dog udbygget med enkelte offentlige institutioner.
I dag er Store Magleby så godt som sammenvokset med Dragør, ligesom dens befolkningstal opgøres herunder.
