Både den jyske højderyg i vest og beliggenheden ud til Kattegat har stor betydning for klimaet i Syddjurs Kommune. Endvidere påvirkes nedbøren af det kuperede landskab i den sydlige del af kommunen.
Syddjurs er en meget tør kommune og placerer sig i landets tørreste tredjedel. Det skyldes, at når den fremherskende vind fra vest rammer den jyske højderyg, løftes luften. Det giver nedbør over højderyggen og betyder, at luften er tør, når den har passeret højderyggen og rammer Djursland. Også ved Mols Bjerge tvinges luften op ad bakkerne, hvilket giver lidt ekstra nedbør. Hvor jordbunden er sandet, er temperaturen ofte lidt højere i sommerhalvåret, hvilket øger chancen for byger.
Set over hele året svarer temperaturerne i Syddjurs Kommune til landsgennemsnittet, og pga. nærheden til havet er variationen ikke særlig stor. Derfor er der heller ikke nogen måneder, hvor kommunens temperatur når op i top-10 blandt landets varmeste og koldeste kommuner.
Til gengæld overstiger antallet af solskinstimer landsgennemsnittet. Det skyldes, at de norske fjelde fanger mange af skyerne, når det blæser fra nordvest, samtidig med at der er færre skyer over havet om sommeren.
