Transporttiderne betyder, at Ærø har tilbud på sygehusområdet, som er usædvanlige for en lille kommune. Den generelle tendens har været at flytte sygehusbehandlinger fra de små sygehuse til de store hospitaler for at styrke kvaliteten. Men på Ærø er der fortsat en lang række tilbud, der kan bruges uden at forlade øen.
Ærøskøbing Sundhedshus blev oprettet i 2013 i et samarbejde mellem Ærø Kommune og Region Syddanmark. Sundhedshuset ligger på Sygehusvejen i Ærøskøbing i samme kompleks som sygehuset, der er blevet en del af OUH med navnet Sygehusenheden Ærø.
Sygehusenheden havde i 2020 ca. 40 ansatte og omfatter en medicinsk afdeling, hvor der er skadeklinik og mulighed for indlæggelse på en af de 11 sengepladser. Samtidig er der Klinisk Biokemisk Afdeling og Radiologisk Afdeling, så øboerne ikke behøver at tage til fastlandet for blodprøver, røntgenundersøgelser mv. I tilfælde af mere akut eller alvorlig sygdom overflyttes patienten til OUH Odense Universitetshospital eller OUH Svendborg Sygehus. Telemedicin indgår i det daglige arbejde, således at lægerne på Ærø kan trække direkte på speciallæger på OUH. En særlig jordemoderordning giver mulighed for at føde på en såkaldt hjemmefødestue på sygehuset. Der er også en særlig hospiceplads.
Sundhedshuset rummer praktiserende læger samt en række kommunale sundhedstilbud i forbindelse med sundhedspleje, genoptræning og forebyggelse. På Ærø findes også et mindre kommunalt sundhedshus i Marstal, som ligeledes blev taget i brug i 2013.
I efteråret 2020 besluttede kommunen at gå med i et treårigt innovationsprojekt med sundhedsdroner. Målet er at forbedre transporten af blodprøver, medicin og andre tests mellem Sygehusenheden Ærø og Svendborg Sygehus. Det vil ifølge konsortiet bag projektet kunne betyde en hurtigere og bedre behandling for patienterne.
