Oprindelig lå landsbyen Veksø med middelalderkirke og gårde samlet omkring forten. Veksø Kro blev opført i 1863 som privilegeret kro med tilhørende rejsestald og købmandshandel.
I 1879 nåede Frederikssundbanen til området og fik station i Veksø. Denne blev anlagt ca. en halv km syd for byen på et lavtliggende terræn, og området mellem station og landsby forblev i mange år ubebygget bortset fra anlæggelse af et privatejet mejeri i 1913. Veksø fik eget vandværk i 1903.
Togdriften betød en øget mulighed for transport af lokalt producerede materialer. Dette omfattede først og fremmest tørv fra moserne omkring Veksø og tegl til hovedstaden. Byen oplevede i perioden 1920‑70 endnu kun en begrænset udvikling, idet indbyggertallet forblev stabilt fra 340 i 1921 til 366 i 1970.
Græsarealet mellem Smedestræde og Veksø Bygade, der var landsbyens forte, blev efterhånden sløjfet, og gadekæret blev fyldt op, da byen var blevet kloakeret. Fra 1937 til 1973 fungerede Veksø Skole som forskole til Centralskolen i Stenløse.
Den store udbygning af Veksø fandt først sted efter 1975, hvor Frederikssundsvej blev lagt uden om byen mod nord. Tegnestuen Vandkunstens projekt fra 1972 dannede udgangspunkt for den kommende byplanudvikling. Der blev lagt vægt på, at den gamle landsby skulle indgå i den nye tætte og lave bebyggelse, der strakte sig ned ad skråningen med karakteristiske røde tegltage og grønne kiler. Udviklingen af byen kom til at foregå nord for banelinjen, og området syd for banen mod Veksø Mose blev friholdt for bebyggelse. Indbyggertallet voksede fra 366 i 1970 til 1.854 i 2007.
