Cisternerne i Søndermarken var oprindelig et vandreservoir, der fra 1859 til 1933 forsynede København med rent drikkevand. Da København i 1996 var europæisk kulturby blev en del af Cisternernes 4.320 underjordiske kvadratmeter taget i anvendelse til udstillinger. Fra 2001 og 12 år frem fungerede Cisternerne som Museum for Moderne Glaskunst. I forbindelse med museumsfusionen i 2013 blev Cisternerne udstillingssted for stedsspecifik installationskunst, der spiller op mod stedets særegne klima og arkitektur præget af vildtvoksende drypsten og en luftfugtighed tæt på 100 %.
Siden 2013 indgår museet i Frederiksbergmuseerne sammen med Alhambra – Museet for Humor og Satire, Storm P. Museet, Bakkehusmuseet og Møstings Hus.
