I 2001 begyndte forberedelserne til det nye trafikknudepunkt Flintholm Station. Ligesom alle de øvrige metrostationer er Flintholm Station tegnet af KHR Arkitekter med Nille Juul-Sørensen som sagsarkitekt. Stationen udmærker sig ved, at adskillige trafikarter mødes under det samme tag. Det enorme glastag virker elegant og ubesværet, trafiklinjerne løber ind over og under hinanden og udveksler passagerer i en lind strøm. Selve taget er tegnet af Gottlieb Paludan Architects. Flintholm Station har fire spor til S-tog, to spor til metro og 48 parkeringspladser. Ved åbningen var det forventet, at stationen ville have op mod 60.000 gennemrejsende om dagen. Helt så travl er stationen ikke, idet metroen har ca. 9.500 gennemrejsende (2017), og DSB har knap 15.000 (2013) om dagen.
Flintholm Station er et trafikalt knudepunkt, hvor både buslinjer, metroen og S-toget mødes under det karakteristiske store glastag. Stationen blev indviet i 2004.
