Frederikshavn Havn er i 2016 hjemsted for 100 forskellige virksomheder, og deres 3.000 medarbejdere står tilsammen for 30 % af kommunens skatteindtægter. De 6 km lange kajer rummer fem færgelejer, et jernbanefærgeleje og tre roll-on-roll-off-lejer. De mange virksomheder på havneområdet tilbyder stort set alle former for maritim service og er i stor fremgang. I alt dækker havnen et samlet areal på 1.710.000 m2, hvoraf vandarealet udgør 540.000 m2.
I 2015 var der 3.605 skibsanløb, der medbragte næsten 2 mio. passagerer og en samlet godsmængde på ca. 2,4 mio. tons. Havnen er blandt de ti største i Danmark og den største færgehavn mellem det europæiske kontinent og Skandinavien med forbindelser til Göteborg, Oslo og Læsø.
I 2018 vil Frederikshavn Havn være udvidet for at styrke de eksisterende aktiviteter og skabe plads til nye forretningsområder inden for bl.a. havvindmøller og andre offshore-aktiviteter. Udvidelsen, som forøger havnedybden fra 6 til 11 meter, giver mulighed for anløb af større skibe og forventes at skabe mellem 1.000 og 2.000 nye arbejdspladser.
