Kirken, der ligger som nordfløj i klosteranlægget, er en stor bygning, som i dag dog kun udgør en mindre rest af den prægtige dom- og klosterkirke, som påbegyndtes noget før år 1200 i granitkvadre og videreførtes i tegl. Den oprindelige kirke svarede i sine dimensioner til de nogenlunde samtidige domkirker i Viborg og Ribe. Det romanske østpartis udformning kendes fra udgravninger og bygningsundersøgelser, der har afsløret, at den bevarede østlige del af kirken udgøres af kor- og korsskæringsfaget fra den romanske kirke. Efter fuldførelsen af dette ambitiøse korbyggeri synes planerne om et tilsvarende stort, romansk skib at være skrinlagt. Det endnu bevarede to fag lange kirkeskib i basilikatype blev tilføjet i 1400-tallet, hvor også hovedskibet fik indsat fire stjernehvælv.
Under Frederik Kiær de Kiærskiolds ejertid 1716-38 blev klosterkirken ombygget og indrettet i barokstil. Hermed forsvandt også de sidste rester af ældre inventar til fordel for bl.a. en næsten 12 m høj, pompøst opbygget altertavle. Den har frifigurer af den opstandne Kristus over midterpartiet og kvindeskikkelser, der symboliserer tro og kærlighed, på sidegavlene. Blandt tavlens malerier er det midterste en kopi af et nadverbillede af den flamske maler Rubens. Det er udført af Mogens Thrane i 1727.
